Přitahování dlouhých větví

Dlouholetou větev přitažlivost (LBA nebo Long Branch přitažlivosti v angličtině) je artefakt v rekonstrukci fylogeneze způsobuje seskupení z taxonů , které vyvíjejí tak rychle, aniž by jakýmkoli způsobem odrážet jejich skutečný vztah. Tento jev souvisí s akumulací konvergentních substitucí, které jsou interpretovány jako synapomorfie . Přitahování dlouhých poboček ovlivňuje zejména metody šetrnosti , zejména proto, že neumožňují rozdíl v mírách substituce.

Slavné dlouhé větve

• Jedním z nejznámějších příkladů fylogenetických chyb, které lze připsat přitažlivosti dlouhých větví, je hypotéza provokativní parafylie hlodavců navrhovaná na počátku 90. let. Morče bylo z hlodavců vyloučeno obzvláště překvapivě. Naštěstí byla obnovena po řadě protichůdných publikací o tomto tématu v časopise Nature .

• Příbuzenské vazby mezi bilaterálními zvířaty byly předmětem intenzivních debat ohledně polohy dvou kmenů ve stromu, jejichž vývoj byl velmi rychlý: hlístice a platyhelmintové . Současná shoda je, že tyto dvě skupiny jsou jednotlivě zahrnuty do dvou hlavních protostomal subtypů , na ecdysozoans a Lophotrochozoa . Jejich jednoduchá morfologie by se objevila po ztrátě mnoha postav předků . Tato topologie, považovaná za akceptovanou, byla zpochybněna řadou fylogenomických analýz , jejichž relevance byla nakonec zpochybněna kvůli jejich malému taxonomickému vzorkování.

Omezte dlouhé větve

K omezení tohoto problému lze implementovat různé strategie:

• metody fylogenetické inference pravděpodobnostního typu, jako je maximální věrohodnost nebo Bayesova inference , umožňují snížit fenomén přitažlivosti dlouhých větví tím, že umožňují rozdíly v rychlosti evoluce ( zákon gama , kovarion ) a realistickým popisem substitučních procesů ,
• přidání taxonů do fylogenetické analýzy umožňuje „lámání dlouhých větví“ tím, že usnadňuje odhad skutečných délek větví. Hodnota tohoto procesu závisí především na studované taxonomické skupině.
• V poslední době vývoj nového modelu molekulární evoluce, který vytvořil N. Lartillot, modelu CAT, umožnil drasticky omezit určité přitažlivé jevy, zejména ve fylogenomických analýzách . Tento model umožňuje zohlednit heterogenitu míst seřazení jejich přiřazením do kategorií majících vlastní modality molekulární evoluce, přičemž tyto kategorie teoreticky odrážejí biochemické vlastnosti domén a příslušných aminokyselin .

Související články

• Maximální šetrnost

Poznámky a odkazy

1. (in) Bergsten, J. (2005): Přehled přitažlivosti dlouhých větví. Cladistics 21 (2): 163-193 .
2. (in) Felsenstein, J. (2004): Inferring phylogenies . Sinauer Associates, Sunderland, MA.
3. (en) Graur D, skrýt WA, Li WH. Je morče hlodavec? Nature 1991; 351: 649-52.
4. (in) On Erchia A Gissi C Pesole G Saccone C Arnason U. Morče není hlodavec. Nature 1996; 381: 597-600.
5. (en) Madsen O, Scally M, Douady CJ a kol. Paralelní adaptivní záření ve dvou hlavních subtypech placentálních savců. Nature 2001; 409: 610-4.
6. (in) Murphy WJ Eizirik E, Johnson WE, et al. Molekulární fylogenetika a počátky placentárních savců. Nature 2001; 409: 614-8.
7. (in) Halanych, KM, The New View of Animal Phylogeny, Annual Review Ecology and Evolution, 2004. DOI : 10.1146 / annurev.ecolsys.35.112202.130124
8. (in) Lartillot N, H Brinkmann, Philip II (2007) Potlačení artefaktů přitažlivosti dlouhých větví ve fylogenezi zvířat pomocí heterogenního modelu webu. BMC Evol Biol. 8 ; 7 Suppl 1: S4.