BRENDA
BRENDA je databáze o enzymech . To je udržována a rozvíjena Ústav biochemie na univerzitě v Kolíně nad Rýnem . Údaje o enzymatických funkcích jsou převzaty přímo z primární literatury. Formální kontroly i kontroly konzistence provádějí počítačové programy; navíc jsou všechny zadané údaje kontrolovány „ručně“. Poslední revize se datuje doledna 2010 a v ceně:
- Významné zrychlení rychlosti aktualizace
- Vývoj nového prohlížeče stromů EC
- Prohlížeč stromu taxonomie
- Vyhledávač chemických substruktur pro struktury ligandů
- Rozvoj kontrolované slovní zásoby
- Ontologie určitých informačních polí
- Glosář jmen ligandů.
použití
Databáze zahrnuje 40 záznamů s informacemi o nomenklatuře, reakcích, specifičnosti, struktuře enzymu, způsobu jeho izolace nebo přípravy, odkazy ve vědecké literatuře a křížových odkazech na sekvenci nebo 3D strukturu.
Databáze je bezplatně přístupná pro akademické a neziskové účely, komerční použití vyžaduje licenci. Pro použití databáze je nutné se zaregistrovat e-mailem. V databázi lze prohledávat nomenklaturu EC , název enzymu, organismus nebo pokročilé vyhledávání kombinující tyto položky.
Další databáze
Část anglického textu k překladu do francouzštiny
Překlad v angličtině:
BRENDA také odkazuje na jiné databáze. Včetně KEGG, který poskytuje informace o dráze, do které je zapojen enzym. Odkazuje také na informace o genové ontologii prostřednictvím webové stránky GO. K dispozici jsou také odkazy na literaturu prostřednictvím PubMed. Mezi další databáze, na které BRENDA odkazuje, patří:
- EXPASY
- Databáze NCBI (bílkoviny, nukleotidy, struktura, genom, OMIM, domény
- Nomenklatura enzymů IUBMB
- Databáze PDB (3D informace)
- PROSITA
- SYSTÉRY
- Databáze proteinových mutantů
- SCOP
- KOCOUR
- InterPro
Reference
- Springer Handbook of Enzymes, Schomburg, D., Schomburg, I. (2001) 2. d. Vyd. Springer, Heidelberg
- Enzymová data a metabolické informace: BRENDA, zdroj pro výzkum v biologii, biochemii a medicíně Schomburg, I., Hofmann, O., Bänsch, C., Chang, A., Schomburg, D. Gene Funct. Říci. (2000) 3-4, 109-18
- BRENDA, údaje o enzymech a metabolické informace. Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D. Nucleic Acids Res. (2002) 30, 47-9
- BRENDA: zdroj údajů o enzymech a metabolických informacích. Schomburg I., Chang A., Hofmann O., Ebeling C., Ehrentreich F., Schomburg D. Trends Biochem. Sci. 2002 Jan; 27 (1): 54-6.
- Recenze databáze BRENDA. Pharkya P., Nikolaev EV, Maranas CD Metab Eng. Duben 2003; 5 (2): 71-3.
- BRENDA, databáze enzymů: aktualizace a hlavní nové trendy. Schomburg I., Chang A., Ebeling C., Gremse M., Heldt C., Huhn G., Schomburg D. Nucleic Acids Res. 2004 1. ledna; 32 Vydání databáze: D431-3.