Iniciační kodon nebo start kodon je triplet nukleotidů, které řídí iniciaci translace proteinu, to znamená začátek genetické zprávy na mRNA . U eukaryot je tento kodon téměř výlučně triplet AUG, který kóduje methionin (Met). U prokaryot je iniciační kodon také AUG, ale může být někdy nahrazen kodonem GUG a vzácněji UUG. Například v Escherichia coli z 4288 identifikovaných genů 3542 začíná s AUG, 612 s GUG a 130 s UUG (a 4 speciální nebo nejisté případy). Bez ohledu na použitý iniciační kodon (AUG, GUG nebo UUG) je první inkorporovanou aminokyselinou vždy N- formylmethionin (fMet) v eubakteriích. Je to methionin, jehož aminoskupina je formována.
Na sense řetězci ( kódujícím řetězci ) DNA je sekvence iniciačního kodonu ATG. V eukaryotech jsou nukleotidy obklopující iniciátorový triplet ATG často dobře konzervované a tvoří sekvenci zvanou Kozakova sekvence , jejíž shoda se liší podle druhu. U obratlovců, kde byla poprvé pozorována, je tato sekvence 5'-GCCGCC R CC ATG G -3 ', kde R je purin (adenin nebo guanin), umožňuje asociaci mRNA na malé podjednotce ribozomu . Všimněte si, že G na pozici +4 je také součástí této sekvence. Diferenciace mezi iniciátorovým tripletem a tripletem kódujícím methionin v peptidovém řetězci je touto sekvencí upřednostňována. U prokaryot konsenzuální sekvence, která umožňuje vazbu na mRNA, malé podjednotky ribozomu je Shine-Dalgarnova sekvence . Sekvence Shine-Dalgarno (5'-AGGAGG -3 ') je lokalizována mezi 6 a 12 bázemi před kodonem AUG mRNA.
Tato sekvence je zvláště užitečná na polycistronických mRNA , tj. MRNA kódujících několik proteinů. Opravdu umožňuje selektivní rozpoznávání startovacích kodonů AUG odpovídajících různým otevřeným čtecím rámcům (ORF) přítomným na mRNA. Je umístěn před každým start kodonem a je komplementární k 16S rRNA . Jak jsme viděli výše, methionin kódovaný start kodonem je formován na aminoskupině. Existují tedy dva typy tRNA pro methionin podle toho, zda je počáteční nebo vnitřní. V druhém případě to není formylované.
Methionin kódovaný iniciačním kodonem je často excidován těsně poté, co byl peptidový řetězec syntetizován enzymem nazývaným methioninaminopeptidáza.
Poznámka: Je třeba se vyhnout počátečním kodonům anglicismu, pokud je francouzský termín široce používán ve frankofonní vědecké literatuře.