Iniciační kodon

Iniciační kodon nebo start kodon je triplet nukleotidů, které řídí iniciaci translace proteinu, to znamená začátek genetické zprávy na mRNA . U eukaryot je tento kodon téměř výlučně triplet AUG, který kóduje methionin (Met). U prokaryot je iniciační kodon také AUG, ale může být někdy nahrazen kodonem GUG a vzácněji UUG. Například v Escherichia coli z 4288 identifikovaných genů 3542 začíná s AUG, 612 s GUG a 130 s UUG (a 4 speciální nebo nejisté případy). Bez ohledu na použitý iniciační kodon (AUG, GUG nebo UUG) je první inkorporovanou aminokyselinou vždy N- formylmethionin (fMet) v eubakteriích. Je to methionin, jehož aminoskupina je formována.

Na sense řetězci ( kódujícím řetězci ) DNA je sekvence iniciačního kodonu ATG. V eukaryotech jsou nukleotidy obklopující iniciátorový triplet ATG často dobře konzervované a tvoří sekvenci zvanou Kozakova sekvence , jejíž shoda se liší podle druhu. U obratlovců, kde byla poprvé pozorována, je tato sekvence 5'-GCCGCC R CC ATG G -3 ', kde R je purin (adenin nebo guanin), umožňuje asociaci mRNA na malé podjednotce ribozomu . Všimněte si, že G na pozici +4 je také součástí této sekvence. Diferenciace mezi iniciátorovým tripletem a tripletem kódujícím methionin v peptidovém řetězci je touto sekvencí upřednostňována. U prokaryot konsenzuální sekvence, která umožňuje vazbu na mRNA, malé podjednotky ribozomu je Shine-Dalgarnova sekvence . Sekvence Shine-Dalgarno (5'-AGGAGG -3 ') je lokalizována mezi 6 a 12 bázemi před kodonem AUG mRNA.

Tato sekvence je zvláště užitečná na polycistronických mRNA , tj. MRNA kódujících několik proteinů. Opravdu umožňuje selektivní rozpoznávání startovacích kodonů AUG odpovídajících různým otevřeným čtecím rámcům (ORF) přítomným na mRNA. Je umístěn před každým start kodonem a je komplementární k 16S rRNA . Jak jsme viděli výše, methionin kódovaný start kodonem je formován na aminoskupině. Existují tedy dva typy tRNA pro methionin podle toho, zda je počáteční nebo vnitřní. V druhém případě to není formylované.

Methionin kódovaný iniciačním kodonem je často excidován těsně poté, co byl peptidový řetězec syntetizován enzymem nazývaným methioninaminopeptidáza.

Poznámka: Je třeba se vyhnout počátečním kodonům anglicismu, pokud je francouzský termín široce používán ve frankofonní vědecké literatuře.

Poznámky a odkazy

  1. (in) „  The Genetic Codes  “ na Pubmed  : „existují určité výjimky, například kvasinky Candida albicans , které mohou používat kodon CAG, a mitochondrie, které používají mnoho různých iniciace kodonů“
  2. (in) Blattner, FR a kol., „  Celá sekvence genomu Escherichia coli K-12.  ” , Science , sv.  277,1997, str.  1453-1474 ( PMID  9278503 )
  3. M. Kozak , „  Analýza 5'-nekódujících sekvencí z 699 poselských RNA obratlovců  “, Nucleic Acids Research , sv.  15, n o  20,26. října 1987, str.  8125–8148 ( ISSN  0305-1048 , PMID  3313277 , PMCID  306349 , číst online , přistupovat 10. listopadu 2016 )
  4. (in) Shine J. Dalgarno L., „  3'-terminální sekvence 16S ribozomální RNA Escherichia coli: komplementarita s nesmyslnými triplety a vazebnými místy ribozomu.  » , Proc. Natl. Acad. Sci. USA , roč.  71,1974, str.  1342-1346 ( PMID  4598299 )

Podívejte se také

Související články

Bibliografie