FlyBase je bioinformatická databáze věnovaná modelovému organismu Drosophila melanogaster (neboli octová muška) a desítce dalších druhů dvoukřídlých, jejichž genomy jsou plně sekvenovány.
Projekt FlyBase zahrnuje konsorcium výzkumných pracovníků a bioinformatiků z Harvard University , New Mexico University a Indiana University ve Spojených státech a také Cambridge University v Anglii. FlyBase poskytuje přístup ke všem genomovým a bibliografickým informacím týkajícím se Drosophila melanogaster , různým sbírkám mutantů a mnoha nástrojům.