Generální guvernér Nizozemské východní Indie ( holandský : Gouverneur-generaal van Nederlands-Indië ) byl představitelem nizozemské moci v Nizozemské východní Indii od roku 1610 do uznání indonéské nezávislosti Nizozemskem v roce 1949.
První generální guvernéři jsou jmenováni Nizozemskou východoindickou společností (VOC). Po bankrotu a rozpuštění VOC nizozemskou vládou v roce 1800 převzala územní vlastnictví VOC tato vláda. Od té doby jsou generální guvernéři jmenováni nizozemskou vládou. Během britské okupace (1811-1816) ovládal území guvernér nadporučíka , z nichž nejznámější byl Thomas Stamford Raffles , zakladatel Singapuru .
V letech 1942 až 1945 bylo území pod japonskou okupací . V roce 1948, kdy začala jednání mezi Indonésany a Holanďany o uznání nezávislosti, byla nizozemská vláda zastoupena Vysokým komisařem koruny v Nizozemské východní Indii.