Tyto sekundární vazby jsou vazby, které tvoří sekundární strukturu a Terciální mezi proteiny . Za tímto účelem působí mezi radikály aminokyselin přítomných na povrchu molekuly, tedy mimo sekundární strukturu.
Protože proteiny odvozují své vlastnosti od své struktury v prostoru, jsou pro ně obzvláště důležité.
Jsou převážně nekovalentní a poskytují určitou stabilitu molekulám, ke kterým se připojují. Od peptidových vazeb a jiných kovalentních vazeb se odlišují tím, že jejich vazebná energie je mnohem nižší (ΔɭH (CC) ≈ -400 kJ / mol a ΔɭH ° (SS) ≈ - 200 kJ / mol).
Disulfidový můstek je jediný existující kovalentní sekundární vazba; je výsledkem asociace dvou thiolových skupin (-SH), která tedy dává disulfidový můstek (SS), samozřejmě s uvolňováním atomů vodíku. Thiolová skupina se nachází zejména na aminokyselině zvané cystein , která patří k aminokyselinám obsahujícím thiolovou skupinu v jejich zbytku (methionin je také součástí této skupiny). Nejjednodušším příkladem je tvorba molekuly cystinu oxidací dvou molekul cysteinu.
Vodíková vazba odpovídá silné elektrostatické přitažlivosti mezi elektropozitivní vodíku atomu polární molekuly a elektronegativní atom patřící do sousední polární molekuly. Atom tvořící vazbu s atomem vodíku pak musí být dostatečně elektronegativní, aby byl mnohem více elektropozitivní.
Rovněž pouze atomy kyslíku, dusíku, fluoru a síry jsou obecně dostatečně elektronegativní, aby generovaly dostatečnou depolarizaci . Podobně pouze atomy kyslíku, dusíku, síry (za předpokladu, že jsou spojeny pouze s jedním radikálem a mají záporný náboj) a fluor mohou vytvořit vodíkovou vazbu s atomem d. Polarizovaným vodíkem. Taková vazba je charakterizována vazebnou energií -10 až -40 kJ / mol. V kapalné fázi jsou neustále rozbíjeny a reformovány, zatímco v pevné fázi zajišťují soudržnost krystalu (například voda ve formě ledu). Umožňují tak podporovat určité acidobazické reakce .
Van der Waalsovy síly jsou síly, které jsou vytvářeny na úrovni atomů a které fixují meziatomové vzdálenosti; jedná se tedy o nespecifickou přitažlivost mezi dvěma atomy.