Šablona pásu karet
Tyto modely stuhy jsou molekulární modelování z proteinových struktur . Vizualizují prvky sekundární struktury jako alfa šroubovice nebo beta list a umožňují reprezentaci terciární struktury . Různé peptidy lze rozlišit podle barev. Ribbonové modely se používají v molekulárním modelování, například v proteinovém inženýrství (de) . Model založila Jane Richardson v letech 1980/1981.
Konvence
Sekundární struktura |
---|
Alfa vrtule
|
Spirálová válcová páska s rovinou pásky přibližně na peptidové vazbě.
|
Beta list
|
Tloušťka šipky 25% šířky, směřující od N-konce k C-konci . Beta listy jsou tvořeny β vlákny a β smyčkami.
|
Prameny a další
|
---|
Neopakující se prameny
|
Kulaté prameny podél atomů α C aminokyselin, řídnoucí od popředí k pozadí.
|
Spojení mezi smyčkami a šroubovicemi
|
Kulatá vlákna podél atomů α C aminokyselin, která se při průchodu alfa šroubovicí zplošťují
|
Další vlastnosti
|
---|
N-terminální a C-terminální konce
|
Malé šipky případně s písmeny. U β řetězců je směr šipky dostatečný; pro tento účel se často používá barevný gradient podél aminokyselinové sekvence.
|
Disulfidové můstky
|
S prokládaným dvojitým S nebo s klikatou čarou
|
Protetické nebo inhibiční skupiny
|
Hůl nebo míč model
|
Kovy
|
Koule
|
Stíny a barvy
|
Kontrast se snižuje směrem k pozadí
|
Software
Různé programy byly vyvinuty pro zastoupení proteinů v modelu pásu, například Molscript (de) od Arthur M. Lesk (de) , Karl Hardman a John Priestle, Jmol , DeepView (de) , molmol (de) , král ( de) , UCSF Chimera (de) nebo PyMOL .
externí odkazy
Poznámky a odkazy
-
Jane S. Richardson, „ Anatomie a taxonomie proteinové struktury “, Advances in protein chemistry , sv. 34,devatenáct osmdesát jedna, str. 167–339 ( PMID 7020376 ).
-
Jane S. Richardson, „ Schematické výkresy proteinových struktur “, Methods in enzymology , sv. 115,
1985, str. 359–38 ( PMID 3853075 ).
-
Jane S. Richardson, „ Brzy stužkové kresby proteinů “, Nature Structural & Molecular Biology , sv. 7, n o 8,
srpna 2000, str. 624–625 ( PMID 10932243 , DOI 10.1038 / 77912 , číst online ).
-
M. Morange, „ Co nám historie říká XXV. Konstrukce pásu modelů proteinů (1981). Příspěvek Jane Richardson. », Journal of Biosciences (de) , sv. 36, n O 4,
září 2011, str. 571–574 ( PMID 21857104 , číst online ).
-
Peter D. Sun , Christine E. Foster a Jeffrey C. Boyington , „ Overview of Protein Structural and Functional Folds “, Current Protocols in Protein Science , sv. 35, n o 1,
2004( PMID 18429251 , DOI 10.1002 / 0471140864.ps1701s35 ).
-
Mike Carson a Charles E Bugg , „ Algoritmus pro pásové modely proteinů “, Journal of Molecular Graphics , sv. 4, n O 21986, str. 121–122 ( DOI 10.1016 / 0263-7855 (86) 80010-8 ).
-
PJ Kraulis , „ MOLSCRIPT: program pro produkci podrobných i schematických grafů proteinových struktur “, Journal of Applied Crystallography , sv. 24, n o 5,
1991, str. 946–950 ( DOI 10.1107 / S0021889891004399 ).
-
Angel Herráez , „ Biomolekuly v počítači: Jmol na pomoc “, Biochemistry and Molecular Biology Education , sv. 34, n O 4,
2006, str. 255–261 ( PMID 21638687 , DOI 10,1002 / bmb.2006.494034042644 ).
-
Maria U Johansson , Vincent Zoete , Olivier Michielin a Nicolas Guex , „ Definování a hledání strukturních motivů pomocí DeepView / Swiss-PdbViewer “, BMC Bioinformatics , sv. 13, n o 1,
2012, str. 173 ( PMID 22823337 , PMCID 3436773 , DOI 10.1186 / 1471-2105-13-173 ).
-
Reto Koradi , Martin Billeter a Kurt Wüthrich , „ MOLMOL: Program pro zobrazení a analýzu makromolekulárních struktur “, Journal of Molecular Graphics , sv. 14, n o 1,1996, str. 51–55 ( PMID 8744573 , DOI 10.1016 / 0263-7855 (96) 00009-4 )
-
Vincent B. Chen , Ian W. Davis a David C. Richardson , „ KING (Kinemage, nová generace): Všestranný interaktivní molekulární a vědecký vizualizační program “, Protein Science , sv. 18, n o 11,
2009, str. 2403–2409 ( PMID 19768809 , PMCID 2788294 , DOI 10,1002 / pro.250 ).
-
Thomas D. Goddard , Conrad C. Huang a Thomas E. Ferrin , „ Softwarová rozšíření pro chiméru UCSF pro interaktivní vizualizaci velkých molekulárních sestav “, Structure , sv. 13, n o 3,2005, str. 473–482 ( PMID 15766548 , DOI 10.1016 / j.str.2005.01.006 ).
-
Axel T Brunger a James A Wells , „ Warren L. DeLano 21. června 1972–3. Listopadu 2009 “, Nature Structural & Molecular Biology , sv. 16, N O 122009, str. 1202–1203 ( PMID 19956203 , DOI 10.1038 / nsmb1209-1202 ).