Protomeru je základní podjednotky na multimerní protein . Nazývá se monomerem mimo kontext alosterie . Protomer je funkční jednotka v tom smyslu, že může být složena z několika proteinových podjednotek . Uvnitř kvartérní struktury jsou různé protomery spojeny dohromady obecně slabými vazbami nebo dokonce někdy disulfidovými můstky .
Koncept protomeru je přímo spojen s enzymy s kvartérní strukturou (enzymy s více než jednou podjednotkou). Podjednotka nebo sdružení podjednotek opakujících se nkrát , n je sudé číslo, se tedy nazývá protomer .
Například buď enzym obsahující čtyři podjednotky, a čtyři podjednotky jsou stejné, libovolně nazývané a . Pak se říká, že enzym je a4 a protomer je a . V tomto příkladu je protomerem také monomer (nebo podjednotka).
Nyní se pojďme jiný příklad, i zde enzym má čtyři podjednotky, které jsou dva typy A podjednotky a dvou typu b podjednotky . Tento enzym se bude nazývat a2b2 a protomer bude ab . Příkladem je hemoglobin . Hemoglobin je tetramer tvořený dvěma protomery; každý protomer se skládá ze dvou podjednotek, α podjednotky a β podjednotky.
Koncept protomeru se proto používá k definování struktury kvartérních enzymů, proteinů hrajících v organismu důležitou roli a často regulovaných jevy alosterie .