V biologii je kolonie (z latinské Colonia ) skupina jednotlivých organismů patřících ke stejnému druhu , žijících společně podle konkrétního způsobu života. Obecně jim život kolonií dává výhody, jako je silnější obrana, schopnost útočit na větší kořist atd. Některé druhy hmyzu (například mravenci a včely ) žijí pouze v koloniích. Portugalská kuchyně (druh cnidarian ) je příkladem kolonie vytvořené ze čtyř různých typů polypů .
Kolonie jednobuněčných organismů se také nazývá koloniální organismus. Koloniální organismus byl pravděpodobně prvním krokem k formování mnohobuněčných organismů během evoluce . Rozdíl mezi mnohobuněčným organismem a koloniálním organismem je v tom, že jednotlivé organismy patřící do kolonie jsou schopné přežít samy, pokud jsou od nich odděleny, což je pro buňky mnohobuněčného organismu (např. Jaterní buňky ) naprosto nemožné . Řasy typ Volvox jsou příkladem hranici mezi těmito dvěma situacemi.
Zavedením konceptu mozaiky , to znamená systému, kde „celek ponechává autonomii svým částem“, navrhl Georges Chapouthier přechod z individuálního organismu do kolonie pomocí dvou obecných principů, které řídí nárůst ve složitosti v živých věcech: „juxtapozice“ identických entit, poté „integrace“ těchto entit do složitějších struktur, kterých pak tvoří části. Tyto dva principy lze aplikovat na mnohobuněčné organismy i na kolonie polypů nebo sociálního hmyzu a na společnosti primátů .
Bakteriální kolonie je definována jako skupina mikroorganismů žijících na povrchu nebo uvnitř pevného kultivačního média, obvykle pěstovaných z jedné buňky.