Genetická divergence je proces, při kterém jeden nebo více souborů ze stejné druhu rodových akumulovat nezávislých genetické změny ( mutace ) v čase, často poté, co lidé se stali geneticky izolován na nějakou dobu. V některých případech mohou subpopulace žijící v ekologicky odlišných periferních prostředích vykazovat genetickou odchylku od zbytku populace, zejména když je populační rozsah velmi velký (viz parapatrická speciace ). Genetické rozdíly mezi odlišnými populacemi mohou zahrnovat tiché mutace (které nemají žádný vliv na fenotyp ) nebo vést k důležitým morfologickým a fyziologickým změnám . Genetická divergence bude vždy doprovázet reprodukční izolaci, buď v důsledku dalších adaptací přirozeným výběrem nebo v důsledku genetického driftu , a je hlavním mechanismem, který je základem speciace .
V molekulární genetice je genetická divergence způsobena změnami malého počtu genů u druhu, což vede ke speciaci . Nicméně, výzkumníci tvrdí, že rozdíl je nepravděpodobné, že by v důsledku významného, jediné, a dominantní mutace v genetickém lokusu , protože kdyby tomu tak bylo, jedinec s tímto mutací neměly žádnou hodnotu selektivní. ; proto nemohl reprodukovat a předat mutaci dalším generacím. Je proto pravděpodobnější, že divergence a následně reprodukční izolace jsou výsledkem několika malých mutací během evoluce .