XYZ formát je chemická datový formát souboru . Pro tento formát neexistuje standardní model, ale soubor .xyz obvykle obsahuje informace o molekulární struktuře s počtem atomů v prvním řádku, komentářem ve druhém a seznamem kartézských souřadnic různých atomů pro následující. Souřadnice jsou obvykle vyjádřeny v ångströmech (Å). Existují variace, které používají spíše atomová čísla ( Z ) než chemické symboly nebo jejichž komentář je vynechán. Tento typ souboru se obvykle používá v digitální chemii pro import a export molekulárních souřadnic.
Rozložení souboru ve formátu .xyz je následující:
<Počet atomů> Řádek komentáře <Prvek 1> <x (1)> <y (1)> <z (1)> <Prvek 2> <x (2)> <y (2)> <z (2)> ... <Prvek n> <x (n)> <y (n)> <z (n)>Všimněte si, že informace o propojení mezi atomy jsou pouze implicitní. Jak je uvedeno na hlavní stránce XYZ (součást XMol):
"Je třeba poznamenat, že formát xyz neobsahuje informace o připojení." Toto úmyslné vynechání umožňuje větší flexibilitu: k vytvoření souboru .xyz není nutné znát přesné umístění kovalentních vazeb . Informace o připojení se pro soubory .xyz automaticky generují, když je čtou XMol nebo jiné související aplikace. Stručně řečeno, pokud je vzdálenost mezi dvěma atomy menší než součet jejich kovalentního poloměru , jsou považovány za vázané. "
Většina programů pro molekulární vizualizaci, jako jsou Jmol a VMD, dokáže zobrazit animace pomocí souborů .xyz.
<Nombre d'atomes> Ligne de commentaire Symbole_atome11 x-coord11 y-coord11 z-coord11 Symbole_atome12 x-coord12 y-coord11 z-coord12 … Symbole_atome1n x-coord1n y-coord1n z-coord1n <Nombre d'atomes> Ligne de commentaire Symbole_atome21 x-coord21 y-coord21 z-coord21 Symbole_atome22 x-coord22 y-coord21 z-coord22 … Symbole_atome2n x-coord2n y-coord2n z-coord2n . . . <Nombre d'atomes> Ligne de commentaire Symbole_atomem1 x-coordm1 y-coordm1 z-coordm1 Symbole_atomem2 x-coordm2 y-coordm1 z-coordm2 … Symbole_atomemn x-coordmn y-coordmn z-coordmnVšimněte si, že formát xyz nevyžaduje, aby počet atomů nebo povaha chemických prvků zůstal stejný v každém kroku, což umožňuje atomům zmizet a objevit se během animace.