Švýcarský institut bioinformatiky (ISB v anglickém švýcarského institutu bioinformatiky , SIB) je nezisková nadace, která akademický federates bioinformatika ve Švýcarsku . Od roku 2017 je SIB rovněž odpovědná za osobní zdravotní program konfederace: Švýcarská osobní zdravotní síť (SPHN).
Ústav byl založen dne 30. března 1998s posláním poskytovat základní zdroje v bioinformatice švýcarské a mezinárodní vědecké komunitě v oblastech, jako je genomika , proteomika a systémová biologie , a také koordinovat oblast bioinformatiky ve Švýcarsku. Institut zejména podporuje výzkum, vývoj databází a počítačových technologií a podílí se na pedagogických a servisních činnostech.
Původně byl založen Švýcarský institut pro bioinformatiku, aby poskytoval stabilní dlouhodobý rámec financování jak pro databázi Swiss-Prot, tak pro švýcarský uzel EMBnet . Zejména společnost Swiss-Prot zažila v roce 1996 velkou finanční krizi, která vedla vedoucí představitelů pěti výzkumných skupin působících v oblasti bioinformatiky v Ženevě a Lausanne , Rona Appela , Amose Bairocha , Philippa Buchera , Victora Jongeneela a Manuela Peitsche k vytvoření institutu . Po svém vzniku mohl institut požádat o financování podle švýcarského zákona, který umožňuje vládě financovat až 50% výdajů souvisejících s výzkumem a životně důležitou vzdělávací infrastrukturou.
Prvním ředitelem ústavu je Victor Jongeneel, následován v letech 2001 až 2006 září 2007od Ernest Feytmans . Od té dobyčervna 2018, v čele institutu je Christine Durinx a Ron Appel, jeden ze zakládajících členů.
Švýcarský institut pro bioinformatiku je federací výzkumných skupin bioinformatiků přidružených k 21 partnerským institucím, včetně univerzit v Basileji , Bernu , Fribourgu , Ženevě , Lausanne , Luganu a Curychu , Federálních polytechnických škol v Lausanne a Curychu , „Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, stejně jako Ženevská univerzita managementu (HEG). Výzkumné skupiny ústavu se nacházejí v Basileji , Bernu , Fribourgu , Ženevě , Lausanne , Luganu , Curychu , Yverdonu , Wädenswilu , Bellinzoně a Davosu .
Institut sdružuje více než 70 výzkumných skupin, služeb a infrastruktur a sdružuje více než 700 vědců v oborech, jako jsou proteomika , transkriptomika , genomika , systémová biologie , strukturní bioinformatika , bioinformatika evoluce, modelování, zobrazování, biofyzika , biokurace , populační genetika a klinická bioinformatika.
Švýcarský institut bioinformatiky nabízí širokou škálu užitečných zdrojů pro komunitu vědců v oblasti biologie, z nichž většina je přístupná prostřednictvím online portálu zdrojů Expasy . Oni rozumí :
Tento institut vyvíjí a udržuje mezinárodně uznávané databáze, včetně UniProtKB / Swiss-Prot (databáze proteinových sekvencí, které byly organizovány a klasifikovány ručně, což nabízí vysokou úroveň anotací), neXtProt (databáze údajů o lidských bílkovinách), SWISS-MODEL adresář (modely trojrozměrné proteinové struktury), STRING (sítě pro interakci proteinů), SwissRegulon (regulační sítě transkripce v celém genomu), EPD (databáze eukaryotických promotorů), SWISS-2DPAGE (databáze 2D gelu), adresář WORLD-2DPAGE ( 2D gelový adresář), PROSITE (rodiny a domény proteinů), MyHits (proteinové sekvence a motivy), Bgee (data databáze pro extrakci a srovnání profilů genové exprese mezi druhy zvířat), OpenFlu (databáze pro lidské a zvířecí chřipkové viry), ViralZone ( portál virových proteinů UniProtKB), GlycoSuiteDB (databáze údaje o glykanech), SugarBindDB (seznam známých sacharidových sekvencí, ke kterým se patogeny konkrétně drží), OrthoDB (hierarchický katalog ortologních eukaryot), miROrtho (katalog genů živočišných mikro-RNA), ImmunoDB (databáze genů a rodin genů spojených s imunitní systém hmyzu) a Cellosaurus (databáze buněčných linií).
Tento institut vyvíjí a dodává software pro komunitu výzkumných pracovníků v biologických vědách, jako je SWISS-MODEL (homologické modelování proteinových struktur), SwissDrugDesign (platforma pro podporu designu léků), Melanie (platforma pro 2D analýzu gelů), MSight (zobrazování a analytický software pro hmotnostní spektrometrii), OMA (databáze ortologů extrahovaných z kompletních dostupných genomů), V-potrubí (potrubí virové genomiky) DeepView / Swiss-PdbViewer (vizualizace, modelování a analýza proteinů) a Newick (vysoce výkonné zpracování fylogenetických stromů) ).
Institut provozuje několik bioinformatických platforem, které poskytují počítačovou a statistickou podporu, jakož i služby a rady vědcům v oblasti vědy o živé přírodě, což jim umožňuje provádět jejich výzkumné projekty a analyzovat získaná data. Tyto infrastruktury byly zavedeny pro genomiku, transkriptomiku a proteomiku. Institut také podporuje Vital-IT , High Performance Computing Center , které poskytuje IT zdroje, podporu rozvoje a poradenství vědecké, akademické a průmyslové komunitě. Vital-IT je distribuován na třech místech: na univerzitě v Lausanne , na École Polytechnique Fédérale de Lausanne a na univerzitě v Ženevě . Výpočetní zdroje a znalosti bioinformatiky jsou také přítomny v oblasti Basileje s centrem výpočetní biologie sciCORE .
Jednou z priorit Švýcarského institutu pro bioinformatiku je podpora a koordinace vzdělávání v bioinformatice. Její členové se přímo či nepřímo účastní řady bioinformatických kurzů na všech vzdělávacích úrovních - od středních škol až po vysoké školy - a rovněž se specializují na další vzdělávání vědců v oblasti přírodních věd. Institut rovněž vyvinul síť doktorandů z bioinformatiky, která je otevřená studentům absolvujícím švýcarské vysoké školy. Cíle této sítě jsou dvojí:
Ústav se rovněž snaží představit a porozumět bioinformatice laickému publiku. Pochopení rostoucího významu, který má tato nedávná disciplína v dnešní společnosti, je zásadním problémem. V blízké budoucnosti budou pacienti odkazovat na výsledky přímo generované bioinformatickými metodami. Od roku 2000 se ústav s cílem zvyšovat povědomí široké veřejnosti účastnil mnoha vědeckých otevřených dveří, vytvořil dva online časopisy, venkovní výstavu a v roce 2012 virtuální výstavu.