Střevní mikroflóra , také volal střevní flóra , je sbírka mikroorganismů ( archaea , bakterie , eukaryot ), nalezené v trávicím traktu zvířat. Patří sem tedy bakterie ve střevě a bakterie v žaludku . Dobrým příkladem vzájemnosti je střevní flóra : spolupráce mezi různými druhy organismů, z nichž každý má prospěch.
Pokroky v sekvenování umožnily identifikovat dominantní druhy lidské střevní mikrobioty, charakterizovat odpovídající ekosystém a pomoci při diagnostice určitých patologií.
Tyto přežvýkavci jsou hostí velké množství symbiotických druhů. Schopnost trávit celulózu je způsobena archaea .