UniProt

UniProt je databáze ze sekvencí z proteinů . Jeho název je odvozen od kontrakce Universal Protein zdrojů (databáze sjednotila sal z profesionálních teins). Jedná se o otevřenou databázi, stabilní a přístupnou online, je výsledkem konsolidace všech údajů vytvořených vědeckou komunitou. UniProt je anotovaná hierarchická databáze, kde je každá sekvence doprovázena bohatou sadou metadat a odkazy na mnoho dalších databází: bibliografické, fylogenetické, nukleotidové ... Kromě aminokyselinové sekvence proteinů poskytuje UniProt informace o jejich funkci a struktura i odkazy na jiné databáze.

UniProt kombinuje data z databází Swiss-Prot , TrEMBL a Protein Information Resource (PIR) a je pravidelně aktualizována. Jeho údaje jsou založeny mimo jiné na ExPASy serveru na švýcarské Bioinformatics Institute a to na EBI . Tyto servery nabízejí zejména hledání homologních sekvencí v databázi pomocí nástrojů pro zarovnání sekvencí, jako je FASTA nebo BLAST .

Poznámky a odkazy

  1. (in) Uniprot Consortium , „  The Universal Protein Resource (UniProt)  “ , Nucleic Acids Res. , sv.  35, 2007, D193-7 ( PMID  17142230 , DOI  10.1093 / nar / gkl929 )

Podívejte se také

Související články

externí odkazy