V rostlinné patologii se antagonismus týká působení živého organismu, který potlačuje normální růst a aktivitu rostlinného patogenu nebo s nimi interferuje . To je případ velkého počtu bakterií nebo hub .
Tyto organismy lze použít k hubení škůdců a nazývají se „ biologické kontrolní látky “. Mohou to být predátoři , paraziti , parazitoidy nebo patogeny, které napadají škůdce , plevele nebo nemoci rostlin nebo jakéhokoli jiného organismu v jeho blízkosti. Inhibiční látka je často velmi specifická ve svém působení a ovlivňuje pouze jeden konkrétní druh. Mnoho mikroorganismů z půdy je antagonistických. Vylučují silný enzym, který ničí jiné buňky trávením jejich buněčných stěn a degradací buněčného obsahu a uvolněný protoplazmatický materiál slouží jako živina pro inhibiční organismus. Například u hub má Penicillium restriktum antagonistický účinek na mnoho fytopatogenních hub . Kmeny Trichoderma spp. také prokázaly antagonistický účinek na houbu botrytis cinerea zodpovědnou za šedou hnilobu .