Pelagibacterales
Pelagibacterales
Pelagibacter ubic
Tyto Pelagibacterales jsou pořadí alphaproteobacteria sloučenině bakterií volných (nejsou připojeny na částice), které tvoří asi jedné buňky ze tří na povrchu oceánu. Celosvětově tvoří členové Pelagibacterales mezi čtvrtinou a polovinou všech prokaryotických buněk v oceánu.
Zpočátku byl tento taxon znám pouze z metagenomických dat a byl znám jako klade SAR11 . Poprvé byl umístěn do Rickettsiales , ale později byl povýšen do hodnosti Řád a poté umístěn jako sesterský řád Rickettsiales v podtřídě Rickettsidae . Zahrnuje velmi hojný mořský druh Pelagibacter ubique .
Bakterie tohoto kladu jsou výjimečně malé. Kvůli své malé velikosti genomu a omezeným metabolickým funkcím se Pelagibacterales staly vzorovým organismem pro studium v rámci „teorie racionalizace“.
P. ubique a příbuzné druhy jsou oligotrofy ( lapače ) a živí se rozpuštěným organickým uhlíkem a rozpuštěným organickým dusíkem. Nejsou schopni fixovat uhlík nebo dusík, ale mohou provést Krebsův cyklus s glyoxylátovým bypassem a jsou schopni syntetizovat všechny aminokyseliny kromě glycinu, stejně jako některé kofaktory. Mají také neobvyklou a nečekanou potřebu snížit obsah síry .
P. ubic a členové oceánské podskupiny používám glukoneogenezi , zatímco ostatní podskupiny jsou schopny používat typickou glykolýzu .
Na rozdíl od Acaryochloris Marina , P. Ubique není fotosyntézy - zejména nepoužívá světlo pro zvýšení vazebné energie elektronového páru - ale má proteorhodopsin (včetně dráhy retinolu biosyntézy ) pro jeho výrobu ATP před světlem.
Bakterie SAR11 jsou zdrojem velké části metanu rozpuštěného na povrchu oceánu. Extrahují fosfát z kyseliny methylfosfonové .
Ačkoli název odvozuje název taxonu od druhu druhu P. ubique (druh se statusem Candidatus ), tento druh dosud nebyl oficiálně publikován způsobem ověřeným vědeckou komunitou, a proto ani název řádu ani název druhu nemají oficiální taxonomický status.
Podskupiny
V současné době je objednávka rozdělena do pěti podskupin:
- Podskupina Ia: žije na otevřeném oceánu, skupina korun - zahrnuje kmen P. ubique HTCC1062
- Podskupina Ib: žije na otevřeném oceánu, je sourozeneckou kládou do podskupiny Ia
- Podskupina II: žije na žebrech, bazální skupina v Ia + Ib
- Podskupina III: žije v brakické vodě, bazální skupina v I + II se sourozeneckou kládou IV
- Podskupina IV, nazývaná také klade LD12: žije ve sladké vodě
- Podskupina V: zahrnuje alphaproteobacteria HIMB59, bazální, ke zbytku
Výsledkem výše uvedeného je cladogram Pelagibacterales konstruovaný takto:
|
|
|
|
Podskupina Ia (zvaná Pelagibacteraceae , zahrnuje rod Pelagibacter )
|
|
|
Podskupina Ib
|
|
|
|
|
Podskupina II
|
|
|
|
|
|
|
Podskupina IIIa
|
|
|
Podskupina IIIb
|
|
|
|
|
Podskupina IV (nazývaná klade LD12, obsahuje bakterie SAR11)
|
|
|
|
|
|
|
Podskupina V (zahrnuje α-proteobakterium HIMB59)
|
|
Fylogenetické místo a endosymbiotická teorie
Studie z roku 2011 , kterou provedli vědci na Havajské univerzitě v Mānoa a na Oregonské státní univerzitě, předpokládala, že skupina SAR11 může být předkem mitochondrií, které se nacházejí ve většině eukaryotických buněk . Tento výsledek by však mohl představovat artefakt rekonstrukce fylogenetického stromu, který by byl způsoben zkreslením kompozice.
Podívejte se také
Poznámky
Reference
-
J. Cameron Thrash, Alex Boyd, Megan J. Huggett a Jana Grote, „ Fylogenomické důkazy o společném předkovi mitochondrií a kladu SAR11 “, Scientific Reports , sv. 1,červen 2011, str. 13 ( PMID 22355532 , PMCID 3216501 , DOI 10.1038 / srep00013 , Bibcode 2011NatSR ... 1E..13T )
-
(en) Morris Rm a Rappé Ms , „ SAR11 Clade Dominates Ocean Surface Bacterioplankton Communities “ , o přírodě , 19. - 26. prosince 2002 ( PMID 12490947 , přístup 9. května 2020 )
-
(en) Ferla Mp et Thrash Jc , „ Nové rhyNA genové fylogeneze alfaproteobakterií poskytují perspektivu u hlavních skupin, mitochondriálních předků a fylogenetické nestability “ , u PloS one ,11. prosince 2013( PMID 24349502 , přístup 9. května 2020 )
-
„ Pěstování všudypřítomného mořského bakterioplanktonového kladu SAR11 “, Nature , roč. 418, n O 6898,srpna 2002, str. 630–3 ( PMID 12167859 , DOI 10.1038 / nature00917 , Bibcode 2002Natur.418..630R )
-
Giovannoni, „ Bakterie SAR11: nejhojnější plankton v oceánech “, Annual Review of Marine Science , sv. 9,3. ledna 2017, str. 231–255 ( ISSN 1941-0611 , PMID 27687974 , DOI 10.1146 / annurev-marine-010814-015934 , Bibcode 2017ARMS .... 9..231G )
-
H. James Tripp, Michael S. Schwalbach, Michelle M. Meyer a Joshua B. Kitner, „ Unikátní glycinem aktivovaný riboswitch spojený s glycin-serinovou auxotrofií v SAR11 “, Environmental Microbiology , sv. 11, n o 1,ledna 2009, str. 230–8 ( PMID 19125817 , PMCID 2621071 , DOI 10.1111 / j.1462-2920.2008.01758.x )
-
Giovannoni, Tripp a Givan Podar, „ Zjednodušení genomu v kosmopolitní oceánské bakterii “, Science , sv. 309, n O 5738,2005, str. 1242–1245 ( PMID 16109880 , DOI 10.1126 / science.1114057 , Bibcode 2005Sci ... 309.1242G )
-
H. James Tripp, Joshua B. Kitner, Michael S. Schwalbach a John WH Dacey, „ Mořské bakterie SAR11 vyžadují pro svůj růst exogenní redukovanou síru “, Nature , sv. 452, n O 7188,Dubna 2008, str. 741–4 ( PMID 18337719 , DOI 10.1038 / nature06776 , Bibcode 2008Natur.452..741T )
-
Schwalbach, Tripp, Steindler a Smith, „ Přítomnost operátoru glykolýzy v genomech SAR11 pozitivně koreluje s produktivitou oceánů “, Environmental Microbiology , sv. 12, n O 22010, str. 490–500 ( PMID 19889000 , DOI 10.1111 / j.1462-2920.2009.02092.x )
-
Giovannoni Bibbs, Cho a Stapels „ Proteorhodopsin všudypřítomný v mořské bakterii SAR11 ,“ Nature , Vol. 438, n O 7064,2005, str. 82–85 ( PMID 16267553 , DOI 10.1038 / nature04032 , Bibcode 2005 Natur.438 ... 82G )
-
Carini, White, Campbell a Giovannoni, „ Produkce metanu chemoheterotrofními mořskými bakteriemi SAR11 bez fosfátů “, Nature Communications , sv. 5,2014, str. 4346 ( PMID 25000228 , DOI 10.1038 / ncomms5346 , Bibcode 2014NatCo ... 5.4346C )
-
Don J. Brenner , Noel R. Krieg a James T. Staley , The Proteobacteria , sv. 2C, New York, kol. "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology",26. července 2005, 2 nd ed. ( 1 st ed. 1984 (Williams & Wilkins)), 1388 str. ( ISBN 978-0-387-24145-6 , číst online )
-
Robert M. Morris, KLV, Jang-Cheon Cho, Michael S. Rappé, Craig A. Carlson, Stephen J. Giovannoni, časová a prostorová reakce rodů bakterioplanktonu na každoroční převrácení konvekcí na studijním místě bermudsko-atlantické časové řady „ Limnology and Oceanography 50 (5) str. 1687-1696 .
-
Salcher, MM, J. Pernthaler a T. Posch, Sezónní dynamika květu a ekofyziologie sladkovodního sesterského kladu bakterií SAR11 „vládnoucích vlnám“ (LD12). ISME J, 2011.
-
(in) Rodriguez-Ezpeleta N a Embley Tm , „ Skupina alfa-proteobakterií SAR11 nesouvisí s původem mitochondrií “ na PloS One ,2012( PMID 22291975 , přístup 9. května 2020 )
Související články