SYBR Green I
| SYBR zelená | |
.png)
| |
| Identifikace | |
|---|---|
| Synonyma |
[2- [ N- (3-dimethylaminopropyl) |
| N O CAS | |
| Chemické vlastnosti | |
| Hrubý vzorec |
C 32 H 37 N 4 S [izomery] |
| Molární hmotnost | 509,728 ± 0,034 g / mol C 75,4%, H 7,32%, N 10,99%, S 6,29%, |
| Fyzikální vlastnosti | |
| T. fúze | 262 ° C |
| Teplota samovznícení | nehořlavý (> −6 ° C ) |
| Opatření | |
| Inhalace | Oficiálně žádný |
| Kůže | Oficiálně žádný |
| Oči | Oficiálně žádný |
| Oficiální biologické riziko | není nebezpečný (US OSHA standard) |
| Oficiální stav odpadu | ani nebezpečný, ani toxický (americký standard) |
| Jednotky SI a STP, pokud není uvedeno jinak. | |
SYBR Green I je organická sloučenina aromatický z chemickým vzorcem C 32 H 37 N 4 S část cyanines asymetrických ( fluoroforů ). Má schopnost vázat se na nukleové kyseliny a emitovat fluorescenci . Proto se používá v molekulární biologii jako fluorescenční činidlo, zejména při provádění kvantitativních PCR .
Vlastnosti
SYBR green I je molekula, která se může vázat na všechny typy dvouvláknových nukleových kyselin. Nejedná se o interkalační činidlo: podle definice je interkalační činidlo molekula, kterou lze vložit mezi destičky tvořené spárovanými bázemi nukleové kyseliny ; SYBR green nesplňuje tuto definici, protože se váže na menší rýhu v DNA . Jakmile je fixován, stává se velmi dobrým fluoroforem. Dvojvláknový komplex DNA / SYBR zelený I tedy absorbuje modré světlo (λ max = 497 nm) a vyzařuje zelené světlo (λ max = 520 nm). Činidlo se také může přednostně vázat na dvouvláknovou DNA, ale může se také vázat na jednovláknovou DNA se slabším výkonem a mírně odlišnými excitačními a emisními vlnovými délkami.
použití
Vzhledem k těmto vlastnostem a jejich nižší toxicitě velmi rychle sloužil jako alternativní metoda k ethidiumbromidu (BET) nebo radioaktivní značení u mnoha metod, včetně detekce DNA a RNA na gelech. Polyakrylamidu nebo agarózy , konvenční, v pulzním nebo „citlivém“ poli, před nebo po značce. Umožňuje také kvantifikovat nukleové kyseliny v roztoku a vzhledem k malé interferenci s polymerázovou řetězovou reakcí je hlavním nespecifickým markerem sekvence používaným v real-time PCR . Díky své velmi vysoké citlivosti je použitelný v kapilární elektroforéze (detekce až 80 femtogramů dvouvláknové DNA), v průtokové cytometrii, pro DNA čipy, pro fluorescenční zobrazování. Používá se také ke kvantifikaci enzymatických aktivit (DNázy, telomerázy) nebo pro aktivity dvouvláknové DNA v nepříznivém prostředí (přítomností inhibitoru fluorescence).
Historický
Kvůli jasnosti data odpovídají první publikaci o oboru a jsou uváděni pouze první autoři, úplné odkazy jsou v kapitole Bibliografie.
- 1975 : Vynález testu pro detekci mutagenů a karcinogenů Amesem BN (revidovaný ve studii z roku 1983 ).
- 1992 : První publikace o fluorescenčních DNA markerech asymetrické rodiny cyaninů od Rye HS.
- 1993 : První zmínka o SYBR green I od Molecular Probes v Bioprobes n o 18 (online vydání do 23, bude ověřeno).
- 1994 : První charakterizační studie SYBR green I od Jin X.
- 1994 : První značení DNA a RNA SYBR green I na polyakrylamidovém elektroforetickém gelu Singer VL.
- 1995 : První značení produktu RT-PCR na agarózovém elektroforetickém gelu Schneeberger CS.
- 1995 : První odhalení krátkých tandemových opakování na polyakrylamidovém gelu neradioaktivní metodou od Morin PA.
- 1995 : První detekce nukleáz v gelu citlivém pomocí SYBR green I od Jin X.
- 1995 : První použití v kapilární elektroforéze Skeidsvoll J.
- 1997 : Podání US patentu č n o 5,658,751 na asymetrických cyanines od Molecular Probes. Zdálo se, že SYBR green jsem, že je složka n o 937.
- 1997 : První detekce poškozené DNA na agarózových gelech s pulzním polem Kiltie AE.
- 1998 : První kvantifikace aktivity nukleáz v radiální difúzi Yasuda T.
- 2000 : Detekce virů průtokovou cytometrií pomocí SYBR green I od Brussaarda CP.
- 2001 : Kvantifikace dvouřetězcové DNA v surových extraktech na vzorcích prostředí Bachoon DS.
- 2004 : Zveřejnění struktury a variability emisního spektra SYBR green I autorem Zipper H.
Toxicita a bezpečnostní pokyny
SYBR Green vykazuje nenulovou mutagenitu, je však mnohem horší než ethidiumbromid . Je však třeba dodržovat obvyklá opatření.
Poznámky a odkazy
- vypočtená molekulová hmotnost od „ atomové hmotnosti prvků 2007 “ na www.chem.qmul.ac.uk .
- Viz Toxicita…
- „ Refdoc “ , na www.refdoc.fr (přístup ke dni 20. dubna 2018 )
Bibliografie
Francouzská bibliografie
Anglická bibliografie
- Ames BN, McCann J, Yamasaki E, Metody pro detekci karcinogenů a mutagenů pomocí testu mutagenity na Salmonella / savčí mikrosom . 1975, Mutation Research 31: 347–364.
- Bachoon DS, Otero E, Hodson RE, Účinky huminových látek na fluorometrickou kvantifikaci DNA a hybridizaci DNA . 2001. J. Microbiol. Methods, 47: 73–82.
- Brussaard CP, Marie D, Bratbak G, Průtoková cytometrická detekce virů . 2000. J. Virol. Methods, 85: 175–182
- Jin X, Yue S, Wells KS, Singer VL, SYBRTM Green I: nové fluorescenční barvivo optimalizované pro detekci pikogramového množství DNA v gelech . 1994. Biophys. J. 66: A159.
- Jin X, Yue S, Singer VL, Vysoce citlivé gelové testy pro detekci nukleáz . 1995. FASEB J. 9: A1400.
- Kiltie AE, Ryan AJ, SYBR Green I barvení agarózových gelů pulzním polem je citlivý a levný způsob kvantifikace DNA dvouřetězcových zlomů v buňkách savců . 1997. Nucleic Acids Res. 25: 2945–2946.
- Maron DM, Ames B, Revised methods for the Salmonella mutagenicity test , 1983, Mutation Research 113: 173–215.
- Morin PA, Smith DG, Neradioaktivní detekce hypervariabilních opakování jednoduché sekvence v krátkých polyakrylamidových gelech . 1995. BioTechniques 19: 223–227.
- Ohta T, Tokishita S, Yamagata H, Ethidium bromid a SYBR Green I zvyšují genotoxicitu UV záření a chemických mutagenů v E. coli . 2001, Mutační výzkum ,31. května ; 492 (1-2): 91-7.
- Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN, Stabilní fluorescenční komplexy dvouvláknové DNA s bis-interkalačními asymetrickými barvivy cyaninu: vlastnosti a aplikace . 1992. Nucleic Acids Res. 20: 2803-2812.
- Schneeberger CS, Speiser P, Kury F, Zeillinger R, Kvantitativní detekce reverzní transkriptázy - produkty PCR pomocí nového a citlivého barvení DNA, PCR Methods . 1995. Appl. 4: 234-238.
- Singer VL, Jin X, Ryan D, Yue S, SYBRTM Zelená barviva: ultravysoká barviva pro detekci DNA a RNA v elektroforetických gelech . 1994. Biomed. Produkty 19: 68–72.
- Singer VL, Lawlor TE, Yue S, Porovnání mutagenity gelu na bázi nukleové kyseliny SYBR Green I a mutagenity etidiumbromidu v testu reverzní mutace mikroorganismu Salmonella / savců (Amesův test) . 1999, Mutation Research 439: 37–47.
- Skeidsvoll J, Ueland PM, Analýza dvouřetězcové DNA pomocí kapilární elektroforézy s fluorescenční detekcí laserem indukované s použitím barviva monomerní SYBR Green I . 1995. Anal. Biochem. 231: 359–365.
- Yasuda T, Takeshita H, Nakazato E, Nakajima O, Hosomi O, Nakashima Y, Kishi K měření aktivity pro deoxyribonucleases I a II s citlivostí pikogramů na bázi DNA, SYBR Green I fluorescence . 1998. Anal. Biochem. 255: 274–276.
- Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F, Vyšetřování interkalace DNA a povrchové vazby pomocí SYBR Green I, stanovení její struktury a metodologické důsledky . 2004. Nucleic Acids Res. ; 32: e103.