Eukaryota (fylogenetická klasifikace)

Účelem této stránky je představit fylogenetický strom eukaryotů ( Eukarya , Eucarya , Eucaryotes), to znamená cladogram, který zdůrazňuje vztahy mezi příbuznými mezi jejich různými skupinami (nebo taxony), jako jsou poslední analýzy uznávaných studií navrhnout je. Toto je pouze možnost fylogeneze mezi různými hypotézami vyplývajícími z práce výzkumných pracovníků a hlavní debaty, které zůstávají ve vědecké komunitě, jsou stručně představeny níže, před bibliografií.

Fylogenetický strom

Cladogram zde představený má být v souladu s nejnovějšími publikovanými a přístupnými analýzami. Není to nutně konsensuální a vždy je možné odkázat na bibliografii uvedenou ve spodní části článku.

Symbol ▲ označuje bezprostředně horní část fylogenetického stromu živých věcí. Značka ► odkazuje na fylogenetickou klasifikaci uvažované skupiny. Jakýkoli uzel stromu nesoucí více než dvě větve vykazuje neurčitost vnitřní fylogeneze uvažované skupiny.

Typografické návyky botaniků a zoologů se liší. Zde, pro usnadnění čtení a některé současné skupiny spadající do dvou tradičních domén, jsou názvy taxonů vyšších než rod psány rovnými znaky, názvy rodů nebo druhů kurzívou.

Po taxonu lze období jeho výskytu, je-li známo, označit následující legendou: ( Plé ): Pleistocene  ; ( Pli ): pliocén  ; ( MiB ): miocen  ; ( Oli ): Oligocen  ; ( Eoc ): eocén  ; ( Pal ): paleocen  ; ( Cre ): křída  ; ( Jur ): Jurassic  ; ( Tri ): trias  ; ( Za ): perm  ; ( Auto ): karbon  ; ( Dev ): devon  ; ( Sil ): Silurian  ; ( Ord ): ordovik  ; ( Camb ): kambrijský  ; ( Edi ): Ediacaran . Pro větší přesnost, pokud je to možné, ( - ): nižší; ( ~ ): střední; ( + ): nadřazený.

Podle Adl et al. 2005, Nozaki a kol. 2009, Cavalier-Smith 2010, velmi zjednodušené, aby bylo možné ukázat fyletickou polohu Apuzoaires sl .

Vědecká debata o fylogenezi Eukaryoty

V návaznosti na vývoj kladistiky a molekulárních fylogenií byla klasifikace jiných než bakteriálních (nebo prokaryotických ) organismů zcela revidována. Rozlišení založené na podobách získaných nezávisle v průběhu evoluční historie různými organismy, jako jsou rostliny, řasy, houby, živočichové a prvoky, by mělo hlavně popisnou hodnotu, ale nemělo by žádný význam pro fylogenetickou klasifikaci. Přeskupení všeho, co není ani zelenou rostlinou, ani houbou, ani zvířetem v Protistech, by již nebylo nutné.

Velmi mnoho kmenů, někdy monospecifických, bylo uznáno jako monofyletické. Jejich seskupení je méně konsensuální: poloha kořene, poloha organismů bez mitochondrií, počet endosymbióz chloroplastů a následná fylogeneze  atd. . Takže „archeplastidy“, které zahrnují glaukofyty, červené řasy a Viridiplantae (zelené řasy a suchozemské rostliny), si možná uzurpují své jméno, které je založeno na hypotéze, že členové této linie, kteří mají plastidy obklopené dvěma membránami, jsou potomky jediný společný předek který včlenil endosymbiotic sinice . V takovém případě by skupina byla parafyletická ( srov. Nozaki et al. 2003 a Yoon et al. 2008). Pokud jde o Chromalveoli, pravděpodobně mezi ně patří Rhizaries, oddělené od Excavates, které se vracejí na základnu Bicontes, ačkoli absence mitochondrií v určitých liniích Excavates ( diplomonads a parabasalids ) je dnes považována za druhořadou. Toto je analýza Burki et al. 2007, který zde zhruba následuje, aby seskupil Stramenopiles, Alveoli a Rhizaria. Všimněte si, že Burki a kol. 2008 make Hacrobia bratr skupina z Archeplastids, což je odděluje od „skupiny SAR“, a tudíž zastaralé koncepci Chromalveolates který spojuje fotosyntetických eukaryota obsahují chlorofylu c a jejich úzké nepigmentované příbuzné.

Apusozoa , v blízkosti oddělení Unicontes a Bicontes, jsou, jak je uvedeno výše, z větší části pravděpodobně blíže k Opisthocontes. Celá skupina je polyphyletická. Breviatea jsou považovány améby souvisí s Amibozoaires jako jejich sesterské skupiny. Diphyllatea nebo collodictyonidae , což představuje starověké střední čáru mezi Amibozoa a těžení materiálu, mají nejistý pozici na základně Eukaryotic stromu.

Nejnovější analýzy T. Cavalier-Smitha zakořenily kořen eukaryotického stromu v Euglenae nebo mezi nimi a ostatními eukaryoty, oddělení Uniconts bylo později.

Klasifikace podle Cavalier-Smith 1998

Tato klasifikace není striktně řečeno fylogenetická v henigiánském smyslu kladistiky. Na základě nových fylogenetických druhů si pro pohodlí udržuje parafyletické taxony, zejména na bázi evolučních linií. Rovněž zachovává tradiční nomenklaturu (království, phyla, třídy  atd. ).

Pouze Protozoa sensu Cavalier-Smith se vyvinul pod 13 kmenů nebo kmenů . Ostatní království jsou uvedena na příslušných stránkách.

Klasifikace podle Cavalier-Smith 1998 └─o empire ou super-règne des Eukaryota ├─o règne des Protozoa (paraphylétique) │ ├─o sous-règne des Archezoa (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Metamonada │ │ │ ├─o sous-embranchement des Eopharyngia │ │ │ └─o sous-embranchement des Axostylaria │ │ └─o embranchement des Trichozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Anaeromonada │ │ └─o sous-embranchement des Parabasala │ └─o sous-règne des Neozoa (paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Sarcomastigota (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Neomonada (peut-être paraphylétique) │ │ │ ├─o sous-embranchement des Apusozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Isomita │ │ │ └─o sous-embranchement des Choanozoa (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Cercozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Phytomyxa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Reticulofilosa │ │ │ └─o sous-embranchement des Monadofilosa │ │ ├─o embranchement des Foraminifera │ │ └─o embranchement des Amoebozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Lobosa │ │ └─o sous-embranchement des Conosa │ │ ├─o infra-embranchement des Archamoebae │ │ └─o infra-embranchement des Mycetozoa │ │ ├─o super-classe des Eumyxa (peut-être paraphylétique) │ │ └─o super-classe des Dictyostelia │ ├─o infra-règne des Discicristata │ │ ├─o embranchement des Percolozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Tetramitia │ │ │ └─o sous-embranchement des Pseudociliata │ │ └─o embranchement des Euglenozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Plicostoma │ │ │ ├─o super-classe des Diplonemia │ │ │ └─o super-classe des Euglenoida │ │ └─o sous-embranchement des Saccostoma │ │ ├─o classe des Kinetoplastea │ │ └─o classe des Postgaardea │ ├─o infra-règne des Alveolata │ │ ├─o super-embranchement des Miozoa │ │ │ ├─o embranchement des Dinozoa │ │ │ │ ├─o sous-embranchement des Protalveolata (peut-être paraphylétique) │ │ │ │ └─o sous-embranchement des Dinoflagellata │ │ │ └─o embranchement des Sporozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Gregarinae │ │ │ ├─o sous-embranchement des Coccidiomorpha │ │ │ │ ├─o super-classe des Coccidia │ │ │ │ ├─o super-classe des Ascetospora │ │ │ │ └─o super-classe des Hematozoa │ │ │ └─o sous-embranchement des Manubrispora │ │ │ └─o classe des Metchnikovellea │ │ └─o super-embranchement des Heterokaryota │ │ └─o embranchement des Ciliophora │ │ ├─o sous-embranchement des Tubulicorticata │ │ ├─o sous-embranchement des Epiplasmata │ │ └─o sous-embranchement des Filocorticata │ └─o infra-règne des Actinopoda (peut-être paraphylétique) │ ├─o embranchement des Heliozoa │ └─o embranchement des Radiozoa │ ├─o sous-embranchement des Spasmaria │ └─o sous-embranchement des Radiolaria ├─o règne des Animalia ► ├─o règne des Fungi ► ├─o règne des Plantae ► └─o règne des Chromista ├─o sous-règne des Cryptista │ └─o embranchement des Cryptophyta └─o sous-règne des Chromobiota ├─o infra-règne des Heterokonta ► └─o infra-règne des Haptophyta └─o embranchement des Haptophyta  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Nozaki et al. 2003

Analýza se zaměřila hlavně na plastidové organismy, Discicristy , Stramenopily a Alveoli nalezené ve velkém kladu, který činí Archeplastidy parafyletickými. Rhodophytes bude linka nejblíže ke spodní části Bicontes (s výhradou neurčitého místa organismů bez mitochondrií ). Místo Rhizaires není uvedeno.

Zjednodušený fylogenetický strom podle Nozaki et al. 2003 ─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Opisthokonta │ ├─o Metazoa │ └─o Fungi └─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Stechmann et al. 2003

Práce Stechmanna a Cavalier-Smitha rozdělili eukaryotický strom na dva hlavní subtypy , unicontes a bicontes . Ve stromové struktuře jsou tradiční království rostlin, zvířat a hub, stejně jako království navržené Cavalier-Smithem pro chromisty, představovány jako koncové větve. Všechny zbývající větve společně tvoří vládu prvoků ve smyslu Cavalier-Smith.

Zjednodušený fylogenetický strom podle Stechmann et al. 2003
Eukaryota
Bicontes

Apusozoa


Cabozoa

Excavata


Rhizaria

Retaria



Cercozoa






Vládnout Plantae


Chromalveolata

Chromista Reign



Alveolata





Unicontes

Amébozoa


Opisthokonta


Choanozoa



animalia panování





Houby vládnou






 

Klasifikace navržená Adl et al. 2005

Po četných pracích, zejména od Thomase Cavalier-Smitha a Sandry L. Baldaufové , reorganizujících klasifikaci eukaryotických buněčných organismů pomocí fylogenetických analýz, se tato mezinárodní komise protistologů pokusila stabilizovat novou klasifikaci, která nahradila starou protistii a zohlednila nedávné fylogeneze. It seskupuje eukaryot do šesti skupin, pokládaný být monophyletic: Amibozoa, Opisthocontes, Rhizaria, Archeplastids, Chromalveoli a těží.

Amébozoa nejvhodnější améby a slizké formy
Opisthokonta zvířata , houby , choanoflagellates ,  atd.
Rhizaria foraminifera , radiolarians a různé jiné améboidní prvoky
Archaeplastida (nebo Primoplantae) suchozemské rostliny , zelené řasy , červené řasy a glaukofyty
Chromalveolata stramenopiles (nebo heteroconts ), haptophytes , cryptophytes (nebo skrytěnky) a alveoly
Excavata různé bičíkovité prvoky
Klasifikace navržená Adl et al. 2005 ─o ├─o Amoebozoa ► ├─o Opisthokonta ► ├─o Rhizaria ► ├─o Archaeplastida ► ├─o Chromalveolata (peut-être paraphylétique) ► ├─o Excavata (peut-être paraphylétique) ► └─? divers groupes : incertae sedis ├─o Ancyromonas ├─o Apusomonadidae ├─o Centrohelida │ ├─o Acanthocystidae │ ├─o Heterophryidae │ └─o Raphidiophryidae ├─o Collodictyonidae ├─o Ebriacea ├─o Spironemidae ├─o Kathablepharidae └─o Stephanopogon  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2007

Primárním rozdělením stromu je trichotomie zvýrazňující Unicontes, Excavates a třetí klade seskupující všechny ostatní eukaryoty. Rhizaria , oddělená od Excavata , jsou zde ve stejné skupině s Chromalveolata , jako bratr skupina jedinými Stramenopiles .

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2007 ─o ├─o Unikonta │ ├─o Amoebozoa │ │ ├─o Lobosea │ │ └─o Conosea │ └─o Opisthokonta │ ├─o Fungi │ └─o Metazoa ├─o Excavata │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jacobida │ └─o Discicristata └─o ├─o Plantae │ ├─o Rhodophyta │ └─o │ ├─o Glaucophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Haptophyta └─o ├─o Alveolata │ ├─o Ciliophora │ └─o │ ├─o Dinoflagellata │ └─o Apicomplexa └─o ├─o Stramenopiles │ ├─o Opalinata │ └─o │ ├─o Oomycetes │ └─o Heterokontophyta └─o Rhizaria ├─o Cercozoa └─o Foraminifera  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Yoon et al. 2008

Analýza Yoon a kol. 2008 nepotvrzuje realitu fylogenetické separace mezi unicontes a bicontes a dokonce zpochybňuje platnost monofyly Excavates, Plantae (ve smyslu Archeplastides), Chromalveoli a Rhizaria (kromě jádra tvořeného Cercozoa).

Zjednodušený fylogenetický strom podle Yoon et al. 2008 -o ├─o Opisthokonta └─o ├─o Ancyromonas └─o ├─o │ ├─o Fornicata │ └─o Parabasalidae et Oxymonadida └─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jakobidae │ └─o Discicristata │ ├─o Euglenozoa │ └─o Heterolobosea └─o ├─o Haptophyta └─o ├─o Cercozoa │ ├─o Thaumatomonadida │ └─o Cercomonadida └─o ├─o Stramenopiles └─o Alveolata ├─o Ciliata └─o ├─o Apicomplexa └─o Dinoflagellata  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Kim et al. 2008

V další analýze jsou Hacrobia zobrazeni vnořeni do Archeplastidů, které společně tvoří kladu s většinou Vykopávek, před spojením se „skupinou SAR“ sdružující Stramenopiles, Alveolus a Rhizaria. Dohromady tyto skupiny tvoří bicontes , Amibozoa a Opisthocontes tvořící unicontes .

Zjednodušený fylogenetický strom podle Kim et al. 2008

Eukaryoty

bicontes

Archaeplastida + Hacrobia + Excavata (kromě Preaxostyla )





Preaxostyla




SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria








unicontes

Amébozoa



Opisthokonta






 

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2008

Burki a kol. 2008 oddělit Hacrobia od všech Chromalveoli včetně Rhizaria, zatímco ukazuje úzké vztahy s Archeplastidy.

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2008

Eukaryoty




SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria






Archaeplastida



Hacrobia = Haptophyta + Cryptophyta









Amébozoa



Opisthokonta





Excavata




 

Zjednodušený fylogenetický strom podle Rogozina a kol. 2009

Jiné analýzy umisťují „skupinu SAR“ do skupiny Chromalveolates sl , i když se liší umístěním pěti výsledných skupin: Archeplastidy, Vykopávky, Chromalveoláty, Amibozoa a Opisthoconts. Rogozin a kol. 2009 produkují strom níže, kde je primární dělení umístěno mezi archeplastidy a všemi ostatními eukaryoty.

Zjednodušený fylogenetický strom podle Rogozina a kol. 2009

Eukaryoty

Archaeplastida





? Excavata (nejistá poloha)





Chromalveolata s.l. (včetně Rhizaria)



unicontes

Amébozoa



Opisthokonta










 

Zjednodušený fylogenetický strom podle Nozaki et al. 2009

Některé z nejnovějších výzkumů, zejména na základě analýz pomalu se vyvíjejících genů, silně naznačují polyphyletický charakter Archaeplastidy ( zelená linie podle Hervé Le Guyadera a Guillaume Lecointra ). Analýzy Nozaki a kol. (2003, 2009) a Yoon et al. (2008) naznačují, že zdánlivá monofilie Archaeplastida je způsobena artefaktem přitažlivosti dlouhých větví .

Monofyletický charakter Bikonty (kterou Nozaki nazývá „Super“ říše rostlin) je také založen na fúzi genů TS a DHFR , které v Unikontě zůstaly oddělené . Monofylii Unicontes podporuje také existence fúze 3 genů ( CPS / DHO / ATC ) zapojených do syntézy pyrimidinu . Tyto geny zůstaly oddělené u prokaryot a Bicontes, čímž se tato vzácná a nevratná událost stala apomorfií . Na druhou stranu se zdá, že biflagelátový charakter Bicontes je plesiomorphic .

Plastid z Bicontes by pocházel z jediné primární endosymbiózy sinic (základní poloha Glaucophytes je také podporována perzistencí bakteriálního peptidoglykanu mezi dvěma membránami plastidu). Ta by byla Excavates sekundárně ztracena a Chromalveoli by ji nahradil plastidem vzniklým v důsledku sekundární endosymbiózy červené řasy (plastid se 4 membránami). Nakonec několik taxonů Chromalveoli sl sekundárně ztratilo svůj plastid (mezi něž patří Oomycota , Ciliata , Foraminifera zařazené mezi Stramenopiles, Alveoli a Rhizaria).

Zjednodušený fylogenetický strom podle Nozaki et al. 2009
Eukaryota
Unikonta
Opisthokonta

Houby




Metazoa



Choanoflagellata





Amébozoa



Bikonta


Excavata



Rhodophyta





Glaucophyta




Chlorobionta


Chromalveolata s.l.
SAR

Rhizaria




Stramenopiles



Alveolata




Hacrobia

Haptophyta



Kryptophyta








 

Klasifikace podle Cavalier-Smith 2010

Stejně jako dříve, že obsahuje stupňů utajení (což jsme zde není uveden) a paraphyletic skupiny pro taxonů v dolní části evolučních stromů: Protozoa , Eozoa , Sarcomastigota  ; v seznamu jsou nyní vyvinuty subtypy Excavata , protože zde se kořen Eukaryota nachází mezi Euglenozoa a ostatními taxony, oddělování mezi Chromista a Plantae na jedné straně, Unikonta na straně druhé, která se nachází později ve vývoji Excavata . Bikont jsou proto také považuje za paraphyletic .

Fylogenetický strom po Cavalier-Smith 2010  

Klasifikace navržená Walkerem a kol. 2011

Walker a kol. 2011 navrhuje systematickou klasifikaci eukaryot, určených pro buněčné biology a parazitology, obsahující „kord SAR“ a „klec CCTH“.

Klasifikace navržená Walkerem a kol. 2011  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Zhao et al. 2012

Rozdělení eukaryot do dvou hlavních subtypů, uniconts a biconts, odvozených od rodového uniflagellate organismu a rodového biflagellate organismu, bylo navrženo dříve.

Zhao a kol. 2012 vytvořil studii s poněkud podobným rozdělením, přičemž poznamenal, že jejich termíny „unicontes“ a „bicontes“ nebyly použity v původním smyslu. Hacrobie jsou asimilovány do „skupiny CCTH“ (zkratka Cryptophyta, Centrohelida, Telonemia a Haptophyta).

Zjednodušený fylogenetický strom podle Zhao et al. 2012
Eukaryoty
"bicontes"

Excavata




Archaeplastida




Hacrobia (nemonofyletická)



SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria





"unicontes"

Opisthokonta



Amébozoa




 

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2012

Výsledky fylogenetických studií často závisí na výběru taxonů a souboru dostupných údajů o analyzovaných genech . Analýzy Burki et al. (naznačuje „skupinu CCTH“) a Okamoto et al. (založení nového taxonu Hacrobies) potvrzují existenci monofyletického taxonu s názvem Hacrobia (jehož diagnózu převzal Cavalier-Smith, který zahrnuje Centrohéliozoaires, Cryptophytes a Haptophytes). Jiné studie však dospěly k závěru, že klady Haptophyta a Cryptophyta netvoří monofyletickou skupinu.

Analýza Burki et al. 2012 o 258 genech je publikováno krátce po vydání Zhao et al. 2012. Dvě studie, kterých se Burki účastní, přinášejí odlišné výsledky: je obtížné určit, zda je skupina Hacrobia monofyletická nebo ne. Příbuznost haptopytů a kryptofytů proto zůstává nejistá. První tvoří sesterskou skupinu ke skupině SAR , druhá artikuluje s Archaeplastidou („rostliny“ v širším slova smyslu).

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2012
Eukaryoty





SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria



Telonemia





Haptophyta






Centrohelida







Plantae



Picobiliphyta





Kryptophyta



Katablepharida






Excavata


Unicontes

Amébozoa



Opisthokonta




 

Klasifikace navržená Adl et al. 2012

Mezinárodní výbor protistologists reviduje své předchozí klasifikaci ověřením skupinu SAR pod taxonomické psaní „Sar“ a zavedením dvou nových sestav na úrovni vyšší o taxonů: Amorphea (z řeckého A „bez“ a morph „formě“) a Diaphoretickes ( z řeckých diaphoretikés „různý“).

Někteří protistologové popularizují klasifikaci revidovanou výborem z Mezinárodní společnosti protistologů , přičemž se spoléhají na analýzu Burki et al. .

Klasifikace navržená Adl et al. 2012  

Zjednodušený fylogenetický strom po Boudouresque 2015

Boudouresque 2015 navrhuje fylogenetický strom založený na práci Baldaufa a uznává rozdělení eukaryot na unikonty a bikonty ve smyslu Zhao et al. . Vyšší taxony jsou seskupeny do monofyletických sad tvořících království: království Amoebobionts a Opisthocontes v Unicontes a království Cryptobionts, Archeplastids, Rhizarians, Alveoles, Stramenopiles, Haptobionts, Excavicrists a uvnitř Bicontes.

Zjednodušený fylogenetický strom po Boudouresque 2015  

Klasifikace navržená Adl et al. 2019

Mezinárodní výbor protistologů reviduje své předchozí klasifikace eukaryot s důrazem na protisty.

Eukaryota tvoří dvě domény zvané Amorphea a Diaphoretickes , s několika dalšími subtypy, které nejsou seskupeny do třetí domény.

CRuMs clade , popsaný Brownem a kol. 2018 a zahrnuje Collodictyonidae , Rigifilida a Mantamonas , tvoří sesterskou skupinu Amorphea.

S odvoláním na skupinu tvořenou Discobou , Metamonadou a Malawimonadou se za neformální skupinu „ Excavates “ považuje nejistá fylogenetická poloha ( uncertae sedis ) v rámci eukaryot.

Klasifikace navržená Adl et al. 2019  

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2020

Nové studie založené na fylogenomické analýze umožňují pokrok v rozlišení fylogenetického stromu eukaryot.

Telonemia větev , který je umístěn jako sesterská skupiny a skupiny, Sar, je součástí skupiny přezdíval TSAR (zkratka Telonemia, Stramenopila, Alveolata a Rhizaria).

Linky asimilované na „ Vykopávky “ jsou rozděleny do tří nezávislých větví (Discoba, Metamonada a Malawimonadida).

Hemimastigophora linie nevykazuje žádný příbuzný vztah s jinými eukaryotickými větvemi.

Zjednodušený fylogenetický strom podle Burki et al. 2020  

Poznámky a odkazy

  1. (in) Michael A. Ruggiero Dennis P. Gordon , Thomas M. Orrell , Nicolas Bailly Thierry Bourgoin , Richard C. Brusca , Thomas Cavalier-Smith , Michael D. Guiry a Paul M. Kirk , „  Vyšší klasifikace všech Živé organismy  “ , PLoS ONE , sv.  10, n O  4,29.dubna 2015, e0119248 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10.1371 / journal.pone.0119248 , číst online )
  2. (in) Lynn Margulis a Michael J. Chapman , Kingdoms & domains: an illustrated guide to the phyla of life on Earth , Boston, Academic Press ,2009, xxii + 731  str. ( ISBN  978-0-12-373621-5 )
  3. Guillaume Lecointre a Hervé Le Guyader , Fylogenetická klasifikace živých věcí , Paříž, Belin ,2006, 3 e  ed. ( 1 st  ed. 2001), 559  str. , 1 obj. + 1 brožura stromů fylogenetické klasifikace ( ISBN  2-7011-4273-3 )
  4. Richard Dawkins ( překlad  Marie-France Desjeux), „Rendez-vous 37: Zone de brume“ , Once Upon a Time Naši předkové: Historie evoluce [„  Příběh předků  “], Paříž, Robert Laffont ,2007, 798  s. ( ISBN  978-2-221-10505-4 ) , str.  625-630
  5. Marc-André Selosse , „  Zvíře o Végétal? : Zastaralé rozlišování  “, pour la Science , n o  350,prosince 2006, str.  66-72 ( ISSN  0153-4092 , číst online [PDF] )
  6. Marc-André Selosse : „Co se stalo se zvířaty, rostlinami a houbami? » , U Daniela Prata , Aline Raynal- Roquesové a Alberta Roguenanta (eds.), Můžeme klasifikovat bydlení? : Linné a systematika dnes , Paříž, Belin ,2008, 437  s. ( ISBN  978-2-7011-4716-1 , číst online ) , s.  225-233
  7. Marc-André Selosse , „  Stále existují rostliny?  " Dokumentace pour la Science , n o  77" neobvyklých rostlin: neomezené vynalézavost rostlin",Říjen-prosinec 2012, str.  8-13 ( ISSN  1246-7685 , číst online [PDF] )
  8. Philippe Silar , eukaryotičtí protisti: Původ, vývoj a biologie eukaryotických mikrobů , Lyon, HAL ,ledna 2016, 472  s. ( ISBN  978-2-9555841-0-1 , online prezentace , číst online [PDF] )
  9. (en) Sandra L. Baldauf , „  The Deep Roots of Eukaryotes  “ , Science , sv.  300, n O  5626,13. června 2003, str.  1703-1706 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1085544 , abstrakt )
  10. (in) Alastair GB Simpson a Andrew J. Roger , „  Skutečná‚ království 'eukaryot  “ , Current Biology , sv.  14, N O  17,7. září 2004, R693-R696 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2004.08.038 , číst online )
  11. (en) Patrick J. Keeling , „  Rozmanitost a evoluční historie plastidů a jejich hostitelů  “ , American Journal of Botany , sv.  91, n o  10,1 st 10. 2004, str.  1481-1493 ( ISSN  0002-9122 , DOI  10.3732 / ajb.91.10.1481 , číst online )
  12. (in) Patrick J. Keeling , Gertraud Burger , G. Dion Durnford , B. Franz Lang , Robert W Lee , Ronald E. Pearlman , Andrew J. Roger a Michael W. Gray , „  Strom eukaryot  “ , Trendy v Ekologie a evoluce , sv.  20, N O  12prosince 2005, str.  670-676 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.tree.2005.09.005 , shrnutí , číst online [PDF] )
  13. (en) Johanna Fehling , Diane Stoecker a Sandra L. Baldauf , „Kapitola 6: Fotosyntéza a eukaryotický strom života“ , Paul G. Falkowski a Andrew H. Knoll (ed.), Evoluce primárních producentů v moři , Boston, Elsevier Academic Press ,2007, xiii + 441  str. ( ISBN  978-0-12-370518-1 ) , s.  75-107
  14. (en) Sandra L. Baldauf , „  Přehled fylogeneze a rozmanitosti eukaryot  “ , Journal of Systematics and Evolution , sv.  46, n o  3,18. května 2008, str.  263-273 ( ISSN  0529-1526 , DOI  10.3724 / SP.J.1002.2008.08060 , shrnutí , číst online [PDF] )
  15. (in) Andrew J. Roger a Alastair GB Simpson , „  Evolution: Revisiting the Root of the Tree Eukaryote  “ , Current Biology , sv.  19, n o  4,24. února 2009, R165-R167 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.12.032 , číst online )
  16. (in) Eugene V. Koonin , „  The Incredible Expanding Ancestor of Eukaryotes  “ , Cell , sv.  140, n o  5,5. března 2010, str.  607-610 ( ISSN  0092-8674 , DOI  10.1016 / j.cell.2010.02.022 , číst online )
  17. (en) Giselle Walker , Richard G. Dorrell , Alexander Schlacht a Joel B. Dacks , „  Eukaryotická systematika: uživatelská příručka pro buněčné biology a parazitology  “ , Parasitology , sv.  138, n o  13,listopadu 2011, str.  1638-1663 ( ISSN  0031-1820 , DOI  10.1017 / S0031182010001708 , číst online )
  18. (en) Giselle Walker, Richard G. Dorrell, Alexander Schlacht a Joel B. Dacks, „  The Eukaryotes in 2011: The groups, their defining features, and the literature  “ , on Cambridge Journals Online ,2011(zpřístupněno 22. března 2013 )
  20. (in) January Pawlowski , „  The new micro-Kingdoms of eukaryotes  “ , BMC Biology , sv.  11, n o  40,15. dubna 2013( ISSN  1741-7007 , DOI  10.1186 / 1741-7007-11-40 , číst online )
  21. (in) Alastair GB Simpson a Yana Eglit , „ Protist diversification“ v Richard M. Kliman (ed.), Encyclopedia of evoluční biologie , sv.  3, Amsterdam , Elsevier ,3. března 2017( 1 st  ed. 2016), 504  str. ( ISBN  978-0-12-800426-5 , DOI  10.1016 / B978-0-12-800049-6.00247-X , abstrakt ) , s.  344–360
  22. (in) Alastair G. B. Simpson , Claudio H. Slamovits a John M. Archibald , „Protist Diversity and Eukaryote Phylogeny“ , John M. Archibald, Alastair GB Simpson, Claudio H. Slamovits, Lynn Margulis , Michael Melkonian, David J. Chapman a John O. Corliss (eds), Handbook of the Protists , Basel , Cham , Springer International Publishing ,29. března 2017, 2 nd  ed. , 1630  str. ( ISBN  978-3-319-32669-6 , DOI  10.1007 / 978-3-319-32669-6_45-1 , abstrakt ) , s.  1-21
  23. (en) Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Ceric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička , Ludmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel JG Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana i Molera, Edward AD Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel, Guifré Torruella i Cortes, Noha Youssef, Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang, „  Revize klasifikace, nomenklatury a rozmanitosti eukaryotů  “ , Journal of Eukaryotic Microbiology , sv.  66, n o  1,Leden-únor 2019, str.  4-119 ( ISSN  1066-5234 , DOI  10.1111 / jeu.12691 , číst online )
  24. (en) Patrick J. Keeling a Fabien Burki , „  Pokrok směrem ke stromu eukaryot  “ , Current Biology , sv.  29, n o  16,19. srpna 2019, R808-R817 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2019.07.031 , shrnutí , číst online [PDF] )
  25. (in) David J. Patterson, Mitchell L. Sogin, „  Eukaryotes: Eukaryota, organismy s jadernými buňkami  “ ve webovém projektu Strom života ,2000(zpřístupněno 4. února 2013 )
  26. (in) Patrick J. Keeling, Brian S. Leander a Alastair GB Simpson, „  Eukaryotes: Eukaryota, organismy s jadernými buňkami  “ ve webovém projektu Strom života ,2009(zpřístupněno 4. února 2013 )
  27. (en) Fabien Burki , „  Eukaryotický strom života z globální fylogenomické perspektivy  “ , Cold Spring Harbor Perspectives in Biology , sv.  6, n o  5,Květen 2014, a016147 ( ISSN  1943-0264 , DOI  10.1101 / cshperspect.a016147 , číst online )
  29. (en) Hisayoshi Nozaki , Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Takashi Nakada , Syou Kato a Kazuharu Misawa , „  fylogenetické polohy Glaucophyta, zelených rostlin (Arplastida) a Haptophyta (Chromalveolata), jak je odvozeno z vyvíjející se jaderné geny  “ , Molecular Phylogenetics and Evolution , sv.  53, n o  3,prosince 2009, str.  872-880 ( ISSN  1055-7903 , DOI  10.1016 / j.ympev.2009.08.015 , abstrakt )
  30. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree  “ , Biology Letters , sv.  6, N O  3,23. června 2010, str.  342-345 ( ISSN  1744-9561 , DOI  10.1098 / rsbl.2009.0948 , číst online )
  31. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Doplňkový materiál pro: Kingdom Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree  “ , on Biology Letters ,2010(zpřístupněno 9. dubna 2013 )
  32. (en) Thomas Cavalier-Smith , Ema E. Chao , Alexandra Stechmann , Brian Oates a Sergei Nikolaev , „  Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastrukturální afinita k Micronuclearia podoventralis a hluboké divergence v rámci Planomonas gen. nov.  “ , Protist , roč.  159, n O  4,21. října 2008, str.  535-562 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2008.06.002 , shrnutí )
  33. (in) Marianne A. Minge , Jeffrey D. Silberman , JS Russell Orr , Thomas Cavalier-Smith , Kamran Shalchian-Tabrizi , Fabien Burki , Åsmund Skjæveland a Kjetill S. Jakobsen , „  Evoluční pozice améb a zkratky primární eukaryotická divergence  “ , Philosophical Transaction of the Royal Society B , sv.  276, n O  1657,22. února 2009, str.  597-604 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rspb.2008.1358 , číst online )
  34. (en) Thomas Cavalier-Smith a Ema E. Chao , „  Fylogeneze a vývoj Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): Nové rody a druhy  “ , Protist , sv.  161, n O  4,října 2010, str.  549-576 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2010.04.002 , shrnutí )
  35. Hervé Philippe , Agnès Germot , Hervé Le Guyader a André Adoutte : „  Co víme o evoluční historii eukaryot? : 1. Univerzální strom života a potíže s fylogenetickou rekonstrukcí  “, Revue Medicine / Sciences , Société Française de Génétique, sv.  11, n o  8,Srpna 1995, str.  I-XIII ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2438 , číst online [PDF] )
  36. André Adoutte , Agnès Germot , Hervé Le Guyader a Hervé Philippe : „  Co víme o evoluční historii eukaryot? : 2. Od diverzifikace protistů k záření mnohobuněčných buněk  “, Revue medicine / sciences , Société Française de Génétique, sv.  12, n O  2Února 1996, str.  I-XIX ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2045 , číst online [PDF] )
  37. Peter Hamilton Raven , Georges Brooks Johnson , Kenneth A. Mason , Jonathan B. Losos a Susan S. Singer ( překlad  Jules Bouharmont, Pierre L. Masson a Charles Van Hove), „Kapitola 29: Protistové“ , in Biologie [„  Biology, 9. vydání  “], Brusel, De Boeck Supérieur ,2011, 2 nd  ed. ( 1 st  ed. 2007), xxvi + + 1279 [88]  s. ( ISBN  978-2-8041-6305-1 ) , str.  568-587
  38. (in) David J. Patterson , „  Diversity of Eukaryotes  “ , The American Naturalist , sv.  154 [Dodatek, roč. 65], n o  S4,Říjen 1999, S96-S124 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527921 , DOI  10.1086 / 303287 , JSTOR  10.1086 / 303287 , shrnutí , číst online [PDF] )
  39. (in) David J. Patterson, „  Počty řádků eukaryot  “ na webovém projektu Strom života ,2000(zpřístupněno 4. února 2013 )
  40. (in) Alastair GB Simpson a David J. Patterson , „Kapitola 1: Současné pohledy na seskupení protistů na vysoké úrovni“ , Laura A. Katz a Debashish Bhattacharya (ed.), Genomics and Evolution of Microbial Eukaryotes , Oxford , New York, Oxford University Press ,2006, xi + 243  str. ( ISBN  978-0-19-856974-9 ) , str.  7-30
  41. (en) Igor B. Rogozin , Malay Kumar Basu , Miklós Csürös a Eugene V. Koonin , „  Analýza vzácných genomických změn nepodporuje Unikont - fylogenezi Bikont a navrhuje sinicózu sinic jako bod primárního záření Eukaryotes  “ , Genome Biology and Evolution , sv.  1,25. května 2009, str.  99-113 ( ISSN  1759-6653 , DOI  10.1093 / gbe / evp011 , číst online )
  42. (in) Eugene V. Koonin , „  Původ a raná evoluce eukaryot ve světle fylogenomiky  “ , Genome Biology , sv.  11, n o  5,5. května 2010, str.  209 ( ISSN  1465-6906 , DOI  10.1186 / gb-2010-11-5-209 , číst online )
  43. (in) Roman Derelle a B. Franz Lang , „  Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins  “ , Molecular Biology and Evolution , sv.  29, n O  4,dubna 2012, str.  1277-1289 ( ISSN  0737 do 4038 , DOI  10,1093 / molbev / msr295 , číst on-line )
  44. (in) Laura A. Katz , Jessica R. Grant , Laura Wegener Parfrey a J. Gordon Burleigh , „  Otáčení koruny vzhůru nohama: Kořeny genových stromů šetří eukaryotický strom života  “ , Systematic Biology , sv.  61, n O  4,Červenec 2012, str.  653-660 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10.1093 / sysbio / sys026 , číst online )
  45. (in) Jeremy G. Wideman , Ryan R. Gawryluk Michael W. Gray a Joel B. Dacks , „  The Ancient and Widespread Nature of the ER-Mitochondria Structure Encounter  “ , Molecular Biology and Evolution , sv.  30, n o  9,září 2013, str.  2044-2049 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / mst120 , číst online )
  46. (in) Ding He , Omar Fiz-Palacios , Cheng Jie Fu , Johanna Fehling , Chun-Chieh Tsai a Sandra L. Baldauf , „  Alternativní kořen stromu života eukaryotů  “ , Current Biology , sv.  24, n O  4,17. února 2014, str.  465-470 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10,1016 / j.cub.2014.01.036 , přehled , číst on-line )
  47. (in) Tom A. Williams , „  Evoluce: zakořenění eukaryotického stromu života  “ , Current Biology , sv.  24, n O  4,17. února 2014, R151-R152 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2014.01.026 , číst online )
  48. (in) Roman Derelle , Guifré Torruella Vladimír Klimeš , Henner Brinkmann , Eunsoo Kim , Čestmír Vlček , B. Franz Lang a Marek Eliáš , "  Bakteriální proteiny určit jediný eukaryotické kořen  " , Proceedings of the National Academy of Sciences Spojených států of America , roč.  112, n o  7,17. února 2015, E693-E699 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1420657112 , číst online )
  49. (in) Dave Speijer Julius Lukeš Marek Eliáš , „  Sex je všudypřítomný, starodávný a inherentní atribut eukaryotického života  “ , Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických , sv.  112, n o  29,21. července 2015, str.  8827-8834 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1501725112 , číst online )
  50. (en) Alexandra Stechmann a Thomas Cavalier-Smith , „  Rooting the Eukaryote Tree by Using a Derived Gene Fusion  “ , Science , sv.  297, n O  5578,5. července 2002, str.  89-91 ( ISSN  0036-8075 , PMID  12098695 , DOI  10.1126 / science.1071196 , abstrakt )
  51. (in) Andrew J. Roger a Jeffrey D. Silberman , „  Cell Evolution: Mitochondria in hidden  “ , Nature , sv.  418, n o  690022. srpna 2002, str.  827-829 ( ISSN  0028-0836 , DOI  10.1038 / 418827a , shrnutí )
  52. (in) Alastair GB Simpson a Andrew J. Roger , „  Eukaryotic Evolution: Getting to the Root of the Problem  “ , Current Biology , sv.  12, n o  20,15. října 2002, R691-R693 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (02) 01207-1 , číst online )
  53. (en) Alexandra Stechmann a Thomas Cavalier-Smith , „  Kořen stromu eukaryotů označen  “ , Current Biology , sv.  13, n o  17,2. září 2003, R665-R666 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (03) 00602-X , číst online )
  54. (v) Nobuko Arisue , Masami Hasegawa a Tetsuo Hashimoto , „  kořen stromu Eukaryota jak vyplývá z kombinované maximální věrohodnosti Analýza mnoha molekulární datové řady  “ , molekulární biologie a Evolution , sv.  22, n o  3,Březen 2005, str.  409-420 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msi023 , číst online )
  55. (v) Alastair GB Simpson , Yuji Inagaki a Andrew J. Roger , "  Komplexní multigenních phylogenies těchto vyhloubit prvoků Reveal evoluční polohy '' primitivní '' eukaryot  " , molekulární biologie a Evolution , sv.  23, n o  3,Březen 2006, str.  615-625 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msj068 , číst online )
  56. (in) Patrick J. Keeling , „  Hluboké otázky ve stromu života  “ , Science , sv.  317, n O  5846,28. září 2007, str.  1875-1876 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1149593 , abstrakt , číst online [PDF] )
  57. (in) Charles F. Delwiche , „  Sledování nitra rozmanitosti plastidů prostřednictvím tapisérie života  “ , The American Naturalist , sv.  154 [Dodatek, roč. 65], n o  S4,Říjen 1999, S164- S177 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527925 , DOI  10.1086 / 303291 , shrnutí , číst online [PDF] )
  58. (in) Jeffrey D. Palmer , „  Symbiotické zrození a šíření plastidů: Kolikrát a Whodunit?  ” , Journal of Phycology , sv.  39, n o  1,7. února 2003, str.  4-11 ( ISSN  0022-3646 , DOI  10.1046 / j.1529-8817.2003.02185.x , shrnutí , číst online [PDF] )
  59. (in) Adrian Reyes-Prieto , Andreas PM Weber a Debashish Bhattacharya , „  Původ a vznik plastidů v řasách a rostlinách  “ , Annual Review of Genetics , sv.  41,prosince 2007, str.  147-68 ( ISSN  0066-4197 , PMID  17600460 , DOI  10.1146 / annurev.genet.41.110306.130134 , shrnutí )
  60. (in) Sven B. Gould , Ross F. Waller a Geoffrey I. McFadden , „  Plastid Evolution  “ , Annual Review of Plant Biology , sv.  59,červen 2008, str.  491-517 ( ISSN  1543 - 5008 , DOI  10,1146 / annurev.arplant.59.032607.092915 , shrnutí )
  61. (in) John M. Archibald , „  The Puzzle of Plastid Evolution  “ , Current Biology , sv.  19, n o  227. ledna 2009, R81-R88 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.11.067 , číst online )
  62. Marc-André Selosse , „  Vývoj endosymbiotických genomů: Výhodou malé velikosti?  », Biofutur , sv.  28, n o  299Květen 2009, str.  28-32 ( ISSN  0294-3506 , číst online [PDF] )
  63. (in) Patrick J. Keeling , „  Endosymbiotický původ, diverzifikace a osud plastidů  “ , Philosophical Transaction of the Royal Society B , sv.  365, n O  1541,12. března 2010, str.  729-748 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rstb.2009.0103 , číst online )
  64. (in) Patrick J. Keeling , „  Počet, rychlost a dopad plastidových endosymbióz v eukaryotické evoluci  “ , Annual Review of Plant Biology , sv.  64,duben 2013, str.  583-607 ( ISSN  1543-5008 , DOI  10.1146 / annurev-arplant-050312-120144 , shrnutí , číst online [PDF] )
  66. (in) Eunsoo Kim a Linda E. Graham , „  EEF2 Analysis Challenges and the monophyly of Archaeplastida Chromalveolata  “ , PLoS One , sv.  3, n o  7,července 2008, e2621 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10.1371 / journal.pone.0002621 , číst online )
  67. (in) Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Kazuharu Misawa a Hisayoshi Nozaki , „  cyanobakteriální příspěvek k genomům protistů postrádajících plastidy  “ , BMC Evolutionary Biology , sv.  9, n o  197,11. srpna 2009( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-9-197 , číst online )
  68. (en) Denis Baurain , Henner Brinkmann , Jörn Petersen , Naiara Rodríguez-Ezpeleta , Alexandra Stechmann , Vincent Demoulin , Andrew J. Roger , Gertraud Burger , B. Franz Lang a Hervé Philippe , „  Fylogenomické důkazy pro samostatnou akvizici Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles  ” , Molecular Biology and Evolution , sv.  27, n o  7,července 2010, str.  1698-1709 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msq059 , číst online )
  69. (in) Laura Wegener Parfrey , Erika Barbero , Elyse Lasser , Micah Dunthorn , Debashish Bhattacharya , David J. Patterson a Laura A. Katz , „  Hodnocení podpory současné klasifikace eukaryotické rozmanitosti  “ , PLoS Genetics , sv.  2, n O  12,22. prosince 2006, e220 ( ISSN  1553-7390 , PMID  17194223 , PMCID  1713255 , DOI  10.1371 / journal.pgen.0020220 , číst online )
  70. (en) Hwan Su Yoon , Jessica Grant , Yonas I. Tekle , Min Wu , Benjamin C. Chaon , Jeffrey C. Cole , John M. Logsdon Jr. , David J. Patterson , Debashish Bhattacharya a Laura A. Katz , „  Široce vzorkované multigenní stromy eukaryot  “ , BMC Evolutionary Biology , sv.  8, n o  14,18. ledna 2008( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-8-14 , číst online )
  71. (in) Yonas I. Takla , Laura Wegener Parfrey a Laura A. Katz , „  Molekulární data transformují hypotézy o původu a diverzifikaci eukaryot  “ , Bioscience , sv.  59, n O  6,Červen 2009, str.  471-481 ( ISSN  0006-3568 , PMCID  2938078 , DOI  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , JSTOR  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , číst online )
  72. (in) Laura Wegener Parfrey , Jessica Grant , I. Yonas Tekle , Erica Lasek-Nesselquist Hilary G. Morrison , Mitchell L. Sogin , David J. Patterson a Laura A. Katz , „  široce vzorkované multigenové analytické výnosy byly dobře vyřešeny Eukaryotický strom života  “ , Systematic Biology , sv.  59, n o  5,října 2010, str.  518-533 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10.1093 / sysbio / syq037 , číst online )
  73. (en) Hisayoshi Nozaki , Motomichi Matsuzaki , Manabu Takahara , Osami Misumi , Haruko Kuroiwa , Masami Hasegawa , Tadasu Shin-i , Yuji Kohary , Naotake Ogasawara a Tsuneyoshi Kuroiwa , „  Fylogenetická pozice červené řasy odhalila násobek jaderné geny z eukaryot obsahujících mitochondrie a alternativní hypotéza o původu plastidů  “ , Journal of Molecular Evolution , sv.  56, n O  4,Dubna 2003, str.  485-497 ( ISSN  0022-2844 , DOI  10.1007 / s00239-002-2419-9 , shrnutí )
  74. (in) Jeremiah D. Hackett , Hwan Su Yoon , Shenglan Li , Adrian Reyes-Prieto , Susanne E. Rümmele a Debashish Bhattacharya , „  fylogenomická analýza podporuje monofylii kryptofytů a haptopytů a asociaci Rhizaria s chromalveoláty  “ , Molekulární biologie and Evolution , sv.  24, n o  8,srpna 2007, str.  1702-1713 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msm089 , číst online )
  75. (en) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi , Marianna Minge , Åsmund Skjæveland , Sergej I. Nikolaev , Kjetill S. Jakobsen a Jan Pawlowski , „  Phylogenomics změní rozdělení funkcí eukaryotické supergroups  “ , PLoS One , sv.  2, n O  8,29. srpna 2007, e790 ( ISSN  1932-6203 , PMID  17726520 , PMCID  1949142 , DOI  10.1371 / journal.pone.0000790 , číst online )
  76. (in) Vladimir Hampl , Laura Hug , Jessica W. Leigh , Joel B. Dacks , B. Franz Lang , Alastair GB Simpson a Andrew J. Roger , „  fylogenomické analýzy podporující monofylii Excavata a řešení vztahů mezi eukaryotickými„ superskupinami “  ” , Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , vol.  106, n o  10,10. března 2009, str.  3859-3864 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.0807880106 , číst online )
  77. (en) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi a Jan Pawlowski , „  Fylogenomika odhaluje novou„ megoskupinu “zahrnující většinu fotosyntetických eukaryot  “ , Biology Letters , sv.  4, n O  4,23. srpna 2008, str.  366-369 ( ISSN  1744-9561 , PMCID  2610160 , DOI  10.1098 / rsbl.2008.0224 , číst online )
  78. (en) Sen Zhao , Fabien Burki , Jon Bråte , Patrick J. Keeling , Dag Klaveness a Kamran Shalchian-Tabrizi , „  Collodictyon - starodávná linie ve stromu eukaryotů  “ , Molecular Biology and Evolution , sv. .  29, n O  6,Červen 2012, str.  1557-1568 ( ISSN  0737-4038 , PMID  22319147 , PMCID  3351787 , DOI  10.1093 / molbev / mss001 , číst online )
  79. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Revidovaný systém života šesti království  “ , Biologické recenze , sv.  73, n o  3,1 st 08. 1998, str.  203-266 ( ISSN  1464-7931 , DOI  10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x , souhrn )
  80. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Protistova fylogeneze a klasifikace prvoků na vysoké úrovni  “ , European Journal of Protistology , sv.  39, n O  4,2003, str.  338-348 ( ISSN  0932-4739 , DOI  10.1078 / 0932-4739-00002 , shrnutí )
  81. (in) Thomas Cavalier-Smith , „  Pouze šest království života  “ , Philosophical Transaction of the Royal Society B , sv.  271, n o  154522. června 2004, str.  1251-1262 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rspb.2004.2705 , číst online [PDF] )
  82. (en) Fabien Burki , Yuji Inagaki , Jon Bråte , John M. Archibald , Patrick J. Keeling , Thomas Cavalier-Smith , Miako Sakaguchi , Tetsuo Hashimoto , Aleš Horak , Surendra Kumar , Dag Klaveness , Kjetill S. Jakobsen „Jan Pawlowski a Kamran Shalchian-Tabrizi , „  Rozsáhlé fylogenomické analýzy ukazují , že dvě záhadné protistické linie, Telonemia a Centroheliozoa, souvisí s fotosyntetickými chromalveoláty  “ , Genome Biology and Evolution , sv.  1,27. července 2009, str.  231-238 ( ISSN  1759-6653 , PMID  20333193 , PMCID  2817417 , DOI  10.1093 / gbe / evp022 , číst online )
  83. (in) Noriko Okamoto , Chitchai Chantangsi Aleš Horák , Brian S. Leander a Patrick J. Keeling , „  Molekulární fylogeneze a popis románu Katablepharid Roombia truncata gen. a sp. nov. a Založení taxonu Hacrobia nov  “ , PLoS ONE , sv.  4, n o  9,17. září 2009, e7080 ( ISSN  1932-6203 , PMID  19759916 , PMCID  2741603 , DOI  10.1371 / journal.pone.0007080 , číst online )
  84. (en) Fabien Burki , Noriko Okamoto , Jean-François Pombert a Patrick J. Keeling , „  Evoluční historie haptofytů a kryptofytů: fylogenomické důkazy pro samostatný původ  “ , Proceedings of the Royal Society B , sv.  279, n o  17367. června 2012, str.  2246-2254 ( ISSN  0962-8452 , DOI  10.1098 / rspb.2011.2301 , číst online )
  85. (in) Denis H. Lynn , „  Protist Systematics  “ , Encyclopedia of Life Sciences (eLS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E series,15. ledna 2014( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0003153.pub2 , abstrakt )
  86. (in) January Pawlowski , „  Protist Evolution and Phylogeny  “ , Encyclopedia of Life Sciences (eLS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E series,17. března 2014( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0001935.pub2 , abstrakt )
  87. (in) Charles-François Boudouresque , „Kapitola 7: Taxonomie a fylogeneze jednobuněčných eukaryot“ , Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette Philippe Lebaron, Robert Matheron, Philippe Normand a Telesphore Sime-Ngando (ed.), Environmental Microbiology: Základy a aplikace [„Mikrobiální ekologie: Mikrobiologie antropizovaného přírodního prostředí“], Dordrecht , Heidelberg , New York, Londýn, Springer ,2015, 953  str. ( ISBN  978-94-017-9117-5 , DOI  10.1007 / 978-94-017-9118-2 ) , s.  191-257
  88. (en) Matthew W. Brown , Aaron A. Heiss , Ryoma Kamikawa , Yuji Inagaki , Akinori Yabuki , Alexander K. Tice , Takashi Shiratori , Ken-Ichiro Ishida et Tetsuo Hashimoto , «  Fylogenomika umisťuje rodové linie sirotků Protistana do románu -Group  » , Genome Biology and Evolution , sv.  10, n O  2,19. ledna 2018, str.  427–433 ( ISSN  1759-6653 , PMID  29360967 , PMCID  5793813 , DOI  10.1093 / gbe / evy014 , lire en ligne )
  89. (en) Fabien Burki , Andrew J. Roger , Matthew W. Brown a Alastair GB Simpson , «  The New Tree of Eukaryotes  » , Trends in Ecology & Evolution , sv.  35, n o  1,leden 2020, str.  43-55 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.tree.2019.08.008 , lire en ligne )

En Savoir Plus

Dokument použitý k napsání článku

Zdroje bibliographiques de référence

Sur les Eucaryotes en général Sur les Apusozoaires

Autres zdroje bibliografie

Zdroje internet

Související články