V biologii je operační taxonomická jednotka (zkráceně OTU , po anglické operační taxonomické jednotce ) operační definice používaná ke seskupování jednotlivců, kteří jsou si fylogeneticky podobní.
Termín vytvořili Robert R. Sokal a Peter HA Sneath v kontextu digitální taxonomie a odkazuje na skupinu studovaných jedinců s podobnostmi.
Dnes se termín OTU týká seskupení organismů, obvykle neobdělávaných nebo neidentifikovaných, seskupených na základě podobnosti sekvence DNA daného genu , která slouží jako taxonomický marker. V mikrobiální ekologii se termín OTU často používá jako ekvivalent pojmu druh , kvůli chybějícímu klasifikačnímu systému pro bakterie a archea . OTU jsou nejčastěji používanou měrnou jednotkou pro kvantifikaci mikrobiální biologické rozmanitosti .
Sekvence jsou seskupeny podle rozdělení dat ( shlukování ) podle jejich podobnosti a OTU jsou definovány na základě prahu podobnosti zvoleného výzkumným pracovníkem (obecně 97%). Používají se hlavně geny 16S rRNA pro bakterie a archea a interní transkribovaný mezerník (ITS) v houbách .
Zda OTU odrážejí skutečnou ekologii nebo fylogenezi mikroorganismů, zůstává diskutováno. Nicméně mikrobiální OTU vykazují konzistentní ekologie mezi různými stanovišti, i když jsou vypočteny různými metodami shlukování.
Koncept OTU je odvozen od konceptu fylotypu , ale liší se metodou konstituování skupin jednotlivců. V přístupu OTU jsou sekvence DNA seskupeny podle vzájemné podobnosti. Fylotypy jsou definovány seskupením sekvencí DNA s referenční sekvencí DNA, která patří do již existujícího souboru dat a ke které je často spojeno jméno druhu.