RNA viry

RNA viry Popis tohoto obrázku, také komentován níže Zastoupení viru chřipky Klasifikace
Typ Virus

Království

Riboviria
ICTV

Skupiny s nižší hodností

RNA virus , někdy nazývá ribovirus , je virus , jehož genetický materiál se skládá z RNA . Tato nukleová kyselina je obecně jednovláknová ( ssRNA ), ale může být také dvouvláknová ( dsRNA ). RNA viry mohou způsobit různá lidská onemocnění, jako je onemocnění virem Ebola , SARS , chřipka , hepatitida C , západonilská horečka , obrna ,spalničky nebo COVID-19 .

Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů (Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů - ICTV ) uspořádá je do skupin III , IV a V této klasifikaci Baltimore .

Nicméně ICTV spadá do skupiny VI z retroviru - a považuje je zřetelné RNA viry, viry, jejichž genetický materiál se skládá z RNA, ale jejichž životní cyklus zahrnuje reverzní transkripci v DNA  : ZAŘÍZENÍ HIV je příklad.

První sekvencování z genu a pak genomu RNA viru byla provedena v roce 1976 týmem z Ghent na MS2 bakteriofágu. RNA viry vykazují velmi vysoké rychlosti mutací, na rozdíl od DNA virů  : replikace je citlivá na chyby a tyto viry nemají DNA polymerázy, které umožňují detekci a opravu těchto chyb, a proto více či méně tvoří virulentní.

Vlastnosti

Jednovláknové RNA viry

RNA viry lze také klasifikovat podle polarity jejich RNA na viry s negativní polaritou (antisense), pozitivní polaritou (sense) nebo dvojitou polaritou (ambisens). RNA s pozitivní polaritou je identický s virových mRNA tak, že virová RNA může být okamžitě přeložen do hostitelské buňky . Antisense virová RNA je komplementární k messengerové RNA a musí být proto převedena na sense RNA pomocí RNA-dependentní RNA polymerázy , aby bylo možné ji přeložit na proteiny . Purifikovaná RNA z RNA viru s pozitivní polaritou jako taková může přímo způsobit infekci, i když může být méně infekční než celý virus. Vyčištěná „antisense“ RNA z viru není sama o sobě infekční, protože musí být nejprve transkribována do RNA s pozitivní polaritou, ale každý virion může být transkribován jako RNA s pozitivní nebo negativní polaritou. Ambisense RNA viry se podobají antisense RNA virům, kromě toho, že také přepisují geny ze sense řetězce.

Dvouvláknový RNA virus

Dvouvláknové RNA viry jsou heterogenní skupina virů široce distribuovaných v různých hostitelích (u lidí , zvířat , rostlin , hub a bakterií ), jejichž genom má proměnlivý počet segmentů (od jednoho do dvanácti), jejichž geometrie kapsidy je také velmi variabilní. Mezi členy této skupiny patří rotaviry , které jsou celosvětově známé jako nejčastější příčina gastroenteritidy u malých dětí, a virus katarální horečky ovcí , patogen ovlivňující skot a zvířata, ovce s významnými ekonomickými důsledky. V posledních letech bylo dosaženo významného pokroku při určování, na atomové a subnanometrické úrovni, struktury řady klíčových virových proteinů, které tvoří virionovou kapsidu několika dvouvláknových RNA virů, což zdůrazňuje důležité paralely ve struktuře a replikaci procesy mnoha z těchto virů.

Míra mutace

RNA viry mají obecně vysokou rychlost mutace v nepřítomnosti DNA polymerázy schopné rozpoznávat a opravovat chyby, a proto nejsou schopné opravit RNA poškozeného genetického materiálu. Tyto DNA viry mají podstatně nižší rychlost mutace, protože DNA polymeráz schopnost oprav bez zásahu do hostitelské buňky. Mezi retroviry mají vysokou míru mutace, i když je jejich DNA meziprodukty se integruje do hostitelského genomu (a tedy předmětem přehrát, jakmile integrována do hostitelské DNA), protože chyby reverzní transkripce jsou integrovány do dvou řetězců DNA před jejich vzniku .

Ačkoli RNA obvykle mutuje rychle, nedávné práce odhalily, že virus SARS a příbuzné RNA viry obsahují genom, který mutuje velmi pomalu, než by se dalo očekávat, kdyby mutace nebyly vůbec kontrolovány. Daný genom má složitou trojrozměrnou strukturu, o které se předpokládá, že poskytuje chemickou funkci nezbytnou pro šíření virů, možná jako ribozym . Takže většina mutací by to pro tento účel učinila nevhodným a zabránila by jejich šíření.

Replikace

RNA viry u zvířat jsou klasifikovány do tří odlišných skupin na základě jejich genomu a způsobu replikace (z jejich skupiny ve staré Baltimorské klasifikaci ):

Skupina III: Dvouvláknový RNA virus (dsRNA)

Zdroj.

Skupina IV: jednovláknový RNA virus s pozitivní polaritou ((+) ssRNA)

Zdroj.

Skupina V  : jednovláknový RNA virus s negativní polaritou ((-) ssRNA)

Zdroj.

Podívejte se také

Reference

  1. (in) „  Virus Taxonomy: Release 2018b  “ , ICTV , července 2018(zpřístupněno 4. července 2019 ) .
  2. (in) Patton JT (editor). (  Dánský překlad ), Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology , Norfolk, Caister Academic Press, 2008, 373  s. ( ISBN  978-1-904455-21-9 , LCCN  2008371444 , číst online )
  3. (in) W. Fiers, R. Contreras, F. Duerinck, Haegeman G., D. Iserentant J. Merregaert W. Min Jou, F. Molemans, A. Raeymaekers A. Van den Berghe, G. Volckaert a M. Ysebaert , „  Kompletní nukleotidová sekvence bakteriofágové MS2 RNA: primární a sekundární struktura genu replikázy  “ , Nature , sv.  260, n O  5551, 8. dubna 1976, str.  500-507 ( PMID  1264203 , DOI  10.1038 / 260500a0 , Bibcode  1976Natur.260..500F , číst online )
  4. O tomto tématu viz také Retrovirus .
  5. (in) Mary Nguyen a Anne-Lise Haenni , „  Vyjádření strategických ambisense virů  “ , Virus Research , sv.  93, n O  2 Červen 2003, str.  141-150 ( PMID  12782362 , DOI  10.1016 / S0168-1702 (03) 00094-7 , číst online )
  6. (in) Roy P ( trans.  , Dánský) Živočišné viry: Molekulární biologie , Norfolk, Caister Academic Press,2008, 531  s. ( ISBN  978-1-904455-22-6 , LCCN  2008353533 , číst online ) , „Molecular Dissection of Bluetongue Virus“.
  7. (in) (P Roy . Trad  Danish) Segmentované dvouvláknové RNA viry: Struktura a molekulární biologie , Norfolk, Caister Academic Press,2008, 373  s. ( ISBN  978-1-904455-21-9 , LCCN  2008371444 , číst online ) , „Struktura a funkce viru katarální horečky ovcí a jeho proteinů“.
  8. (en) Klein, Donald W .; Prescott, Lansing M .; Harley, John ( překlad  z dánštiny), Microbiology , Dubuque, Iowa, Wm. C. Brown, 1993, 2 nd  ed. ( ISBN  978-0-697-01372-9 ).
  9. (in) Michael P Robertson, Haller Igel, Robert Baertsch David Haussler, Manuel Ares Jr. a William G Scott , „  Struktura přísně konzervovaného RNA elementu v genomu viru SARS  “ , PLoS Biology , sv.  3, n o  1, ledna 2005, e5 ( PMID  15630477 , PMCID  539059 , DOI  10.1371 / journal.pbio.0030005 , číst online )
  10. (in) Michael J. Adams, John F. Antoniw a Jan Kreuze , „  virgaviridae nová rodina rostlinných virů ve tvaru tyčinky  “ , Archives of Virology , sv.  154, n o  12, prosince 2009, str.  1967-1972 ( PMID  19862474 , DOI  10.1007 / s00705-009-0506-6 , číst online )
  11. (in) Kathie A. Mihindukulasuriya, L. Nguyen Nang, Guang Wu, Henry V. Huang, Amelia PA Travassos da Rosa L. Vsevolod Popov, Robert B. Tesh a David Wang , „  Viry Nyamanini a Midway definují nové taxony Viry RNA v řádu Mononegavirales  “ , Journal of Virology , sv.  83, n o  10, Květen 2009, str.  5109-5116 ( PMID  19279111 , PMCID  2682064 , DOI  10.1128 / JVI.02667-08 , číst online )

externí odkazy