Panování | Bakterie |
---|---|
Větev | Proteobakterie |
Třída | Gama proteobakterie |
Objednat | Enterobakterie |
Enterobacteriaceae ( family of Enterobacteriaceae ) jsou bakterie gramnegativní nalézt všude v zemi, ve vodě, a to zejména ve střevě ( enterické ) lidí a zvířat. Jsou jedním z nejvýznamnějších rodin z bakterií , a to jak z kvantitativního hlediska (více než čtyřicet rodů ) a z kvalitativního hlediska. Často se vyskytují v infekční patologie, stejně jako v biotechnologický průmysl ( fermentace ze sýra a mléčných výrobků , alkoholu, doplňkové léčebné ošetření , produkce toxinů pro kosmetické použití , farmaceutický průmysl , pro výrobu antivirových činidel, biologické analýzy medicínských vzorků. lidé nebo veterináři k izolaci patogenů v kultuře, velké množství průmyslových odvětví provádějících měření úrovně biologické toxicity atd.).
Klasicky definujeme Enterobacteriaceae podle 7 kritérií (ale musíme být opatrní, s přeskupením čeledí vyplývajícím z nových taxonomických metod jsou nyní součástí této rodiny určité rody, které nutně nesplňují všechna tato kritéria). Mnemotechnická pomůcka (BONIFAN):
Rozdíly mezi mnoha rody a druhy pocházejí z přesnějších kritérií, jako je fermentace různých cukrů, produkce či nikoli produkce sulfidů, přítomnost nebo nepřítomnost metabolických enzymů ( β-galaktosidáza , deaminázy , dekarboxylázy ), typ fermentace ( fermentační dráhy enterobacteriaceae ) (butan-2,3-diol nebo směsi kyselin). Tato kritéria umožňují seskupit různé rody do „skupin“, což činí postupy identifikace metodičtějšími a jednoduššími, ale která nemusí nutně odpovídat realitě fylogenetické blízkosti (protože se jedná pouze o fenotypová kritéria, jako ta stará). Vědecká klasifikace ).
Specifické kultivační médium rodiny Enterobacteriaceae : pro kultivaci a izolaci Enterobacteriaceae se používají dvě média , agar Drigalski a EMB agar
V těchto médiích se nejčastěji kultivují bakterie oxidáza +, jako jsou Vibrionaceae nebo Pseudomonadaceae ...
Používají se jiná média, nejčastěji cíleným způsobem, například SS agar nebo Hektoenův agar používaný k detekci salmonely.
Po určení čeledi Enterobacteriaceae se provede identifikační galerie (viz níže).
Jsou velmi rozšířené, některé se vyskytují pouze v životním prostředí, zejména v mokřadech. Většina rodů obsahuje patogenní druhy, které způsobují poruchy, které se u jednotlivých kmenů velmi liší. Některé jsou odpovědné za choroby rostlin ( fytopatogenní ) a jiné za zvířata.
Jsou to velmi všudypřítomné bakterie , to znamená, že je lze nalézt v mnoha ekosystémech:
Obecně se množí jak v hostiteli ( komenzály : Escherichia coli ), tak v prostředí ( saprofyty : Serratia marcescens ), i když některé druhy jsou více přizpůsobeny jednomu nebo druhému z těchto stanovišť.
Jsou hostiteli lidí a zvířat, ve kterých pobývají hlavně ve střevech. Mohou se však nacházet v ústní dutině, vlhkých oblastech kůže, zejména v perineu , nosních dutinách a ženských pohlavních ústrojích, ve kterých mohou tvořit tranzitní flóru.
Ve střevě představují velmi velkou část aerobní flóry střeva, která je sama o sobě velmi malá (řádově 1% z celkové flóry). Vyskytují se ve velkém počtu v tlustém střevě (od slepého střeva po konečník), přispívají k degradaci zbytků potravy a tvorbě střevního plynu; mluvíme o fermentační flóře .
Druh Escherichia coli v něm hraje převládající roli díky své stálé přítomnosti a velké převaze nad jinými druhy: tvoří 80% v aerobní flóře s koncentrací přibližně 108 E. coli / g terminální stolice . Tato flóra je však ve srovnání s přísnou anaerobní flórou velmi v menšině. Jiné druhy mají méně výrazný výskyt, například Proteus a Klebsiella, stejně jako Citrobacter , Hafnia , Providencia , Enterobacter ... s nepravidelnějším výskytem.
Komenzální zárodky ve střevě nebo jinde mohou být patogenní oportunismem (infekce močových cest, superinfekce atd.). Jejich patologie je nespecifická, ale především zabírá „terén“ (mikroorganismus, který má konkrétní faktory patogenity, je poté schopen překonat imunitní obranu hostitele oslabenou různými faktory a vyvolat infekci. Jsou znepokojeni zejména tím, že jejich obranyschopnost je oslabena) .
Polyresistence vůči antibiotikům, která mohou obsahovat, vychází z plazmidů rezistence a představuje obtížné problémy pro léčbu.
Jak jsme řekli, patogenní druhy mají velkou variabilitu ve svém chování a agresivitě u hostitele. Poté můžeme rozlišit dvě skupiny patogenních enterobakterií: přísné patogeny a oportunní patogeny .
Přísné patogenní EnterobacteriaceaeJejich přítomnost v těle je neobvyklá bez ohledu na jejich počet a často vede k infekci, jejíž závažnost závisí na místě jejich vstupu. Zavedené kontaminovanou potravinou způsobí střevní poruchy ulpěním na střevní sliznici a poté překročením enterocytové bariéry. Příznaky jsou často charakterizovány silným průjmem následovaným dehydratací (závažné u kojenců )
Některé druhy způsobují specifické patologie:
Tyto enteropatogenní bakterie jsou samy o sobě agresivní; jejich identifikace je proto nezbytná.
Oportunní patogenní EnterobacteriaceaeOportunní Enterobacteriaceae nemají dostatečnou patogenitu ke spuštění patologie u zdravého hostitele. Na druhou stranu je pravděpodobné, že vyvolají infekci u imunokompromitovaných jedinců, jako je septikémie, zejména v nemocničním prostředí (například Serratia , Klebsiella atd.), Které je staví na stejnou úroveň jako ostatní nemocniční zárodky, jako je Staphylococcus a pseudomonas aeruginosa , respirační, močové, břišní, zejména iatrogenní pooperačně.
Mohou být přítomny ve střevě a tvoří nedílnou součást jeho komensální flóry, takže druh Escherichia coli je odpovědný za infekci močových cest (zejména u žen) například při chronické zácpě.
Za infekce dýchacích cest je někdy zodpovědný druh Klebsiella pneumoniae .
Saprophytic Enterobacteriaceae jsou přítomny v půdě, vodě, rostlinách a obecně v jakémkoli vlhkém prostředí. Podílejí se na degradaci organické hmoty. Mezi ně patří: Proteus (který žije jak saprofyty, tak komenzály), Providencia , Enterobacter , Serratia , Hafnia ... které jsou více přizpůsobeny životnímu prostředí.
Všechny tyto mikroorganismy mají shodnou morfologii: gram - tyčinky , proměnlivé velikosti a tvaru. Některé mají kapsli. Definice Enterobacteriaceae je založena na následujících kritériích: gramnegativní bacily, nepohyblivé nebo pohyblivé peritoneální ciliaturou, aerobní - fakultativní anaeroby, atakující glukózu oxidací a / nebo fermentací, bez oxidázy a redukce dusičnanů na dusitany. Tuto definici je třeba brát s relativitou, na jedné straně kvůli výjimkám (redukce dusičnanů na dusík, polární vlasy atd.), Na druhé straně proto, že se jedná o staromódní definici, která není založena na genetických kritériích, která jsou dnes , jediní připustili.
Rody a druhy jsou rozlišeny na základě biochemických (a genetických) znaků studovány na média, které získali v „identifikační galerie“ (kvašením cukrů, dekarboxylace aminokyselin, produkce indolu, acetoinu, H 2 S ; deaminace fenyl-alaninu; použití citrátu atd. ). Některé konkrétní biochemické znaky umožňují definovat biotypy v rámci druhu, například Salmonella typhi , biotyp xylóza + a biotyp xylóza -; toto rozlišení může být zajímavé z epidemiologického hlediska.
Zde je diagram představující dnes tradiční zastaralou galerii s výsledky pro Salmonella :
Moderní biochemická identifikace se opírá o mikrogalerie, jako je galerie API20E , k tomu vynalezené. Počet testovaných znaků je mnohem vyšší než u klasických galerií.
Všechny Enterobacteriaceae mají společný antigen nazvaný ECA (z angličtiny : enterobakteriálních Common Antigen ). Nebo „Kunín antigen“ pojmenované po svém objeviteli v roce 1960 Tento antigen se vyznačuje další práci, které zejména sídlo své přírodní polysacharid a detail jeho struktury.
Stěna Enterobacteriaceae také obsahuje lipopolysacharidový komplex (LPS) , jehož lipidová část odpovídá endotoxinu , identickému ve všech těchto zárodcích a odpovědnému za určitou vaskulární a imunitní patogenicitu (vazodilataci, změnu propustnosti, cirkulační kolaps). Polysacharidová frakce je antigenní a odpovídá antigenu O (nebo somatickému antigenu), jehož specificita se liší podle druhu. Tento antigen je odolný vůči teplu a ethanolu.
Kromě toho mají mobilní druhy H antigen (bičíkový antigen nebo bičík), který je v přírodě proteinový, tepelně labilní, citlivý na ethanol a může existovat v různých fázích (bičíky různé povahy).
A konečně, některé bakterie mají K antigen (povrchový antigen), jehož povaha není vždy jasná. Tento antigen se chová jako obal, který blokuje aglutinovatelnost podkladového antigenu O. To platí zejména pro Ag Vi u některých Salmonella .
Studium antigenů A, H a K (jsou-li přítomny) umožňuje stanovení sérovarů, které doplňují biochemickou identifikaci. Fág může být v některých případech poskytnout dodatečné informace o epidemiologické úrovni.
Kromě přirozené rezistence na antibiotika aktivní na grampozitivní (peniciliny, makrolidy) mají enterobakterie často rezistenci na širokospektrální AB, na které jsou normálně citlivé. Tato rezistence je podmíněna přítomností plazmidů ( extrachromozomální DNA ) nesoucích více charakteristik rezistence a přenositelných na jiné gramnegativní bakterie bakteriální konjugací .
V roce 2016 bylo poprvé u hospodářských zvířat zjištěno, že Enterobacteriaceae nese gen rezistence vůči karbapenemu (ve Spojených státech). Protože se tento gen snadno přenáší, obává se, že by se tato rezistence mohla šířit.
Stanovení citlivosti antibiogramem je proto zásadní, multirezistentní kmeny jsou stále častější.
Je třeba zmínit boj pomocí bakteriofágů specifických pro bakterie z čeledi Enterobacteriaceae , jako je Erwinia . Firma OmniLytics například to schváleno EPA (USA) Product AgriPhage který je účinný proti většině škodlivých bakterií v zemědělství a zahradnictví, jak je uvedeno na straně 168 knihy mikrobiologa D r Alain Dublanchet.
|
|
|
|
Podle světového registru mořských druhů (9. ledna 2011) :
Podle ITIS (9. ledna 2011) :